1.含鹽量較高。很多茶葉蛋在制作過程中會加入較多的鹽，容易導致鹽攝入過量，對高血壓、心血管疾病等有風險的人群應當適當控制食用量。
2.蛋白和茶葉中含有鞣酸。大量食用鞣酸會影響鈣、鋅、鐵等礦物質的吸收，導致營養不良。在食用茶葉蛋之余，也應註意補充足夠的營養素。
3.保存及食用不當導致細菌產生。茶葉蛋制作及保存過程中，若衛生條件不良，可能會滋生細菌，並在食用時對人體造成危害。建議選購正規商家銷售的茶葉蛋，避免食用保存時間過長或有異味的茶葉蛋。