1、使用技能對眼睛造成的影響不同：普通的萬花筒寫輪眼持有者使用自己的特有技能會對眼睛造成損傷，例如視力下降，眼睛流血等等。隨著時間推移，萬花筒寫輪眼的持有者如果頻繁使用自己的技能，最後的結果就是眼睛失明。永恒萬花筒寫輪眼就不會有上述問題，最多就是消耗查克拉而已。
2、獲得方式不同：普通的萬花筒寫輪眼是直接利用外界條件刺激進化而成。永恒萬花筒寫輪眼需要融合至親之間的萬花筒寫輪眼才能進化而成。