哈哈，這個問題有意思了，《火影忍者》鳴人成為火影以後忍者世界的弊端真滴徹底根除了嗎？個人認為從岸本對於整體構架的需求來看完全解決弊端並不現實，但是鳴人已經盡自己努力做到最好了，沒有紛爭和沖突後續劇情就不可能走下去。下面具體說明壹下。
第四次忍界大戰結束以後，鳴人和佐助實力達到頂峰，憑借實力和其它村子達成和平***處的局面。
岸本其實對於火影整部作品想要傳達的中心思想還是比較好的，也就是即使在物欲橫流的的世界面對各種壓力依舊相信人與人之間能夠建立真正的互相信任和理解，和平友愛是人與人相處的最優解。劇中的男主角鳴人基本上把岸本想要表達的東西給體現了出來，當然實現和平的方式最好的就是各個勢力實力差距不大，同時領導階層不會為了既得利益發動戰爭。
個人認為後續博人傳中相對和諧的局面還得感謝帶土和斑的計劃，如果沒有第四次忍界大戰，五大國之間的實力差距依舊會不斷擴大。木葉村自從初代火影死後鳴人成長起來之前再也沒有能夠以壹己之力壓制其他國家的角色出現，而且雖然忍界大戰的爆發以及劇情需要，木葉村整體實力的下滑速度是非常驚人的。
而其他村子的實力不降反升，還好有第四次忍界大戰讓不同忍者村的實力經過戰爭消耗又基本回到同壹個水平線上面。再加上鳴人和佐助得到六道仙人力量饋贈，讓鳴人有了實現忍者世界整體和平談判提供了基礎：壹方面各個忍者村需要時間休養生息恢復視力，另壹方面由於鳴人和佐助在實力方面的優勢讓其他不同意鳴人主張的勢力沒有選擇的余地，火影忍者世界也是實力為尊的。
忍界聯軍的***同作戰經歷讓不同國家的主要領導人以及忍者村的影認識到大規模戰爭爭奪資源和控制權是非常消耗自己國家的實力和後續發展潛力的，因此不到萬不得已基本上不會再互相發動戰爭，和平***處讓力量基本保持平衡就是最佳的狀態。鳴人的堅持還是取得了壹定的效果的，讓忍者世界在後續十多年的時間飛速發展。
鳴人除了利用力量讓忍者世界中的主要國家暫時簽訂和平發展協議，也讓忍者村以往的發展模式從以執行任務得到財政撥款為中心變為發展自主經濟體系為中心。
俗話說得好飽暖思淫欲，很多小夥伴抱怨博人傳中忍者村裏邊新生代忍者的實力和前輩相比大幅度下滑，這也從壹方面證明在第四次忍界大戰大戰結束以後各個忍者村都基本上是以發展自主經濟體系為中心了。以前為啥忍者村之間的戰鬥很多，就是因為忍者村建立初期和各大國達成的協議，基本上忍者村就是不同國家的武裝力量，對內負責維持社會穩定，對外負責維持國家的整體利益。
因此以前的忍者想要活下去獲取生存下去的各種資源就必須想方設法提升自己的綜合實力，這樣完成任務的成功率才會更高。而村子的財政撥款大部分都依賴於各個國家的意願來決定，因此在第四次忍界大戰之前，各個忍者村裏邊的忍者學校基本上都是培養把學員培養成戰爭武器為目標。
後續博人傳裏邊的情況就不壹樣了以木葉村為例子出現了很多私人實體經濟體，這樣壹來很多忍者就可以為這些鼬實力的經濟體執行任務獲得報酬，而且任務難度沒有以前那麽高，這種情況下木葉村的收入來源就不僅僅局限於國家層面的財政撥款了，雖然表面上看讓國家對於忍者村的控制能力降低，實際上也減輕了國家財政方面的負擔，也能夠讓村子的財政自主權得到保證。
這應該是忍界大戰結束以後各大國協商的結果，目的就是為了維持讓不同國家忍者能夠不執行大規模的戰爭任務而生存下去。既然村子的經濟大權不完全依靠上級財政撥款，那麽很多對外作戰計劃的執行成本就提高了，也避免了各個國家為了爭奪資源隨意發動戰爭的情況發生。
隨著第四次忍界大戰的結束以及鳴人等人的努力讓忍者村的發展進入新時期，很多忍者村都開始發展符合村子實際的新經濟體系，這樣做既能讓村子裏邊的忍者能夠不通過執行對外作戰任務同樣能夠得到生存下去的必要條件，也能夠減輕國家層面的經濟壓力負擔。
火影中不同勢力的利益糾紛是劇情發展下去的必要條件，沒有沖突和矛盾就不會有後續劇情發生，因此鳴人想要根除忍者世界的弊端是不可能完成的。
個人認為所謂的忍者世界弊端表面上是不同勢力為了滿足自身需求和其它勢力發生沖突的過程，實際上就是火影忍者作者為了劇情需要進行的設計，沒有矛盾，沒有利益沖突火影的後續劇情就無法發展下去。因此只要火影忍者繼續出，鳴人想要解決掉所謂的弊端根本不現實。
這個所謂的弊端是火影劇情能夠順利向下衍生的關鍵，基本上火影中所有的外部勢力幹擾都是為了完成火影的劇情走向設計的。對於火影這種大商業IP來說，只要有吸引力，有商業價值，岸本和各種合作方為了獲利都不會讓火影中人和人因為利益訴求不同從而產生分歧或者爭端的弊端消失。
即使火影中的幕後黑手大筒木輝夜（黑絕）背封印，在博人傳裏邊還是出現了殼組織以及大筒木壹族其他角色，因此可以預留到的是如果火影還有後面的劇情延續會源源不斷地出現新的和鳴人想法對立的人或者組織讓雙方直接的矛盾繼續存在下去。
只要火影忍者想要繼續獲得商業利益維持商業價值，所謂的火影忍者世界弊端（人與人之間的不信任，為了利益訴求發生爭執）是不可能被徹底消除的。
最後總結壹下，個人認為火影中真正的弊端不可能消除，但是鳴人已經把自己能夠做的做到了極致，讓自己的後代能夠暫時享受異端相對安逸的發展時期，分析不到位地方請見諒，各位有其他想法歡迎留言討論。