日本最好的醫學院如下:
東京大學，創建於1877，是日本國立大學，也是亞洲最早的大學之壹。截至目前，東京大學培養了13名諾貝爾獎獲得者和15名日本首相，以及壹大批國內外著名學者、商業大亨、
政治和經濟精英。因此，東京大學是日本乃至亞洲最高學術殿堂，也是世界頂尖大學之壹。日本的醫科大學中，東京大學的門檻最高，淘汰率也最高。但也因此確保了日本第壹大學的地位。東京大學的腦科醫學系在世界上非常有名。
最好的著名私立大學之壹，慶應義塾大學醫學院成立於1917，培養了7000多名活躍在世界各地的畢業生，為醫學教育、研究、醫療和醫療管理做出了巨大貢獻。
東京信野町校區新建的大學附屬醫院是日本為數不多的最先進的醫院之壹，全部由電腦控制，擁有360臺終端，1071張床位，日接診人數可達3700人以上。
京都大學成立於1897。到2016，京都大學已經產生了9位諾貝爾獎獲得者。根據2017年《泰晤士報》世界500強企業CEO校友人數，在全球排名12，可謂巨頭，其畢業生普遍在科研乃至政商界占有舉足輕重的地位。京都大學和東京大學，其實類似於國內北大和清華的競爭關系。東大很強，但京都大學不會落後。