1.智能飛行控制技術研究院:該院致力於智能飛行控制領域的研究與開發，主要研究方向包括無人機自主控制、動力系統控制和飛行控制理論。
2.航空發動機研究所:該所是國內航空發動機的專業研究機構之壹，主要以發現航空發動機新材料和新技術為主，對發動機的確定性、使用壽命和安全性能進行深入研究。
3.空間環境與材料研究所:該機構主要從事新材料的研究、開發和應用，如微重力下材料特性的研究、高能射線材料的輻射效應等。
這是南昌航空大學幾個重要的科研機構，當然其他機構也在壯大。