(1)辦公室。
負責文電、會議、機要、檔案、監察等機關日常工作，承擔重大事項調研、重要文稿起草、政務公開、政務信息、目標績效管理、安全保密、信訪、辦理建議和提案、社會治安綜合治理等工作。
(2)規劃信息處。
擬定全省衛生和計劃生育中長期發展規劃；統籌全省衛生計生服務資源配置，承擔區域衛生計生規劃編制和實施，指導公共衛生計生服務體系建設；制定大型醫用設備配置管理辦法和標準並組織實施；承擔衛生計生信息化建設和統計工作，參與全省人口基礎信息庫建設。
(3)法律事務部。
組織起草衛生、計劃生育和中醫藥發展的地方性法規草案；制定衛生和計劃生育地方標準；承擔本機關規範性文件的合法性審核；承擔行政復議、行政訴訟等工作；指導衛生計生系統落實執法責任制；協調推進衛生計生委行政審批事項管理工作。
(4)體制改革處(省深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室)。
承擔省深化醫藥衛生體制改革領導小組及其辦公室的具體工作，研究提出深化醫藥衛生體制改革的重大方針政策和措施建議，督促落實領導小組會議議定事項；承擔組織推進公立醫院改革。
(五)衛生應急辦公室(突發公共衛生事件應急指揮中心)。
制定衛生應急和緊急醫療救援的計劃、制度、方案和措施；組織、協調和指導各地突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織實施預防和控制突發急性傳染病的應急措施；組織實施重大災害、恐怖活動、中毒事件、核事故和輻射事故的緊急醫學救援；發布突發公共衛生事件應急處理信息；負責醫療保險重大活動的協調。
(六)疾病預防控制科(愛國衛生運動委員會辦公室)。
針對嚴重危害人民健康的公共衛生問題，制定重大疾病預防控制規劃、免疫規劃和幹預措施並組織實施；完善疾病預防控制體系，預防和控制疾病的發生和傳播；承擔法定報告傳染病疫情信息發布工作；承擔省愛國衛生運動委員會的具體工作。
(7)醫政辦公室。
制定醫療機構、醫療技術應用、醫療質量、醫療服務、醫療安全、采供血機構管理和醫務人員職業標準等相關政策、規範和標準，並組織實施；制定公立醫院績效評價和考核制度，承擔建立醫療機構醫療服務和醫療質量評價監督體系的相關工作；指導醫療機構的藥事與感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等相關工作；制定公立醫院運行監管制度，監督指導全省醫療機構評估工作。
(8)初級保健部門。
擬定農村衛生和社區衛生的政策、規劃、規範並組織實施；指導全省基層衛生服務體系建設和鄉村醫生管理，監督和指導基層衛生政策的落實；承擔新型農村合作醫療的綜合管理工作。
(9)婦幼保健服務站(出生缺陷幹預站)。
擬訂婦幼保健和計劃生育技術服務的政策、規劃、技術標準和規範並組織實施；推進婦幼衛生和計劃生育技術服務體系建設；承擔婦幼保健、出生缺陷預防、人類輔助生殖技術管理和計劃生育技術服務；推動實施計劃生育和生殖健康促進計劃；制定衛生和計劃生育技術服務、計劃生育藥具和節育技術推廣使用管理規定，依法規範和指導計劃生育藥具管理。
(十)食品安全標準和監測評價部門。
組織制定食品安全標準，組織食品安全風險監測、評估和交流，承擔食品原料新品種、食品添加劑新品種和食品相關產品新品種的安全性審查，參與制定食品安全檢驗機構資質認定條件和檢驗規範。
(11)綜合監督辦公室。
承擔公共衛生、醫療保健和計劃生育的綜合監督工作；按照職責分工，承擔職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生和計劃生育的監督管理，組織公共場所、飲用水安全和傳染病防治的監督檢查，整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為，督辦重大違法案件，指導和規範綜合監督執法。
(12)藥物政策與基本藥物制度司。
組織實施基本藥物制度，參與制定國家基本藥物目錄，組織制定省級基本藥物補充目錄；會同有關部門制定我省國家基本藥物采購、配送和使用的政策措施並組織實施；落實基本藥物目錄中鼓勵和支持藥品生產的政策，提出基本藥物價格政策建議，參與制定藥品編碼。
(十三)艾滋病防治工作。
制定全省艾滋病防治規劃和措施；承擔艾滋病防治項目的組織、實施和管理工作；承擔省艾滋病防治工作委員會的具體工作。
(十四)基層計劃生育指導。
指導和督促基層加強計劃生育基礎管理和服務，完善計劃生育政策並組織實施，推進基層計劃生育工作網絡建設。
(十五)計劃生育和家庭發展處(省出生人口性別比綜合治理辦公室)。
研究提出促進全省計劃生育事業發展的政策建議，建立和完善計劃生育利益導向機制和特殊困難家庭救助制度；擬定計劃生育獎勵扶助政策；制定計劃生育“三結合”工作計劃並組織實施；承擔出生人口性別比綜合治理工作。
(十六)流動人口計劃生育服務管理辦公室。
制定全省流動人口計劃生育服務管理的規劃和政策，指導基層建立流動人口享受計劃生育信息和提供公共服務的工作機制。
(十七)計劃生育目標管理辦公室。
制定計劃生育工作年度責任目標；完善計劃生育目標管理責任制並組織實施；指導計劃生育“壹票否決”制度的實施，協調“壹票否決”制度的實施和監督。
(18)宣傳部。
擬定衛生計生宣傳、公共健康教育和健康促進的目標、規劃、政策和規範，承擔衛生計生科學普及、新聞宣傳和信息發布工作。
(十九)科技教育司。
擬訂衛生和計劃生育科技發展規劃及相關政策，組織實施相關科研項目、新技術評價管理、科研基地建設，承擔實驗室生物安全監管工作；組織實施畢業後醫學教育和繼續醫學教育，參與制定醫學教育發展規劃，協調指導醫學專科教育，開展住院醫師規範化培訓和專科醫師培訓。
(20)對外合作辦公室。
組織和指導實施衛生與計劃生育領域的國際交流合作和國際援助項目；承擔與港澳臺的交流與合作；負責機關及直屬單位因公出國(境)人員的初審、審批等外事工作。
(二十壹)衛生局(貴州省委衛生委員會辦公室)。
制定全省幹部醫療政策和工作計劃並組織實施；承擔省委保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作；承擔黨和國家領導人及重要外賓來貴州的醫療保障工作；承擔重要會議和大型重要活動的醫療衛生保障工作；承擔省委保健委員會的日常工作。
(二十二)省級中醫藥管理局。
組織制定中醫藥和民族醫藥發展規劃；承擔中醫醫療機構的監督管理工作；實施中醫藥醫療機構、人員和技術的準入制度；指導高等中醫臨床教學、師承教育、繼續教育及相關人員培訓；組織協調中醫藥和民族醫藥的基礎研究和臨床應用研究，指導中醫藥和民族醫藥的技術開發和科技成果推廣。設立中醫綜合科、中醫醫政科(中西醫結合和民族醫學科)和中醫科技教育科。
(23)財務部。
承擔衛生和計劃生育專項資金的管理工作；承擔機關和納入機關統壹財務管理的單位的預決算、財務、資產管理和內部審計工作；提出醫療服務和藥品價格的政策建議，指導和監督社會撫養費的管理。
(二十四)人事司(人才司)。
制定全省衛生計生人才發展規劃並組織實施；承擔機關及下屬單位的機構設置、人事管理和隊伍建設；會同有關部門制定並組織實施各類衛生專業技術人員的資格標準；組織和指導衛生計生管理幹部的崗位培訓；承擔機關黨建工作。
離退休幹部部。負責機關離退休幹部的管理和服務，指導下屬單位的離退休幹部工作。
紀檢監察機構。省紀委派駐省衛生計生委紀檢組，省監察廳派駐省衛生計生委監察室，行政編制6名。其中，紀檢組長1人，紀檢副組長(監察室主任)1人，監察室副主任1人。
政府機關的黨組織按照有關規定設置。