主管部門不同:註冊企業培訓師由國家發改委主管，認證由原人力資源開發協會實施；企業培訓師由原勞動部負責，現由人力資源和社會保障部負責，認證考試由國家統壹組織。
兩個證書性質不同:註冊企業培訓師是壹個等級評價認證，屬於行業協會認證，含金量低；企業培訓師由國家認證，職業資格鑒定由人力資源和勞動部職業技能鑒定管理局進行，是壹項含金量很高的職業資格。