北宋時期，長江中遊的養魚業開始發展。九江和湖口的漁民建池塘養魚，年收入幾千到幾萬不等。
南宋時期，九江成為重要的魚苗產地。每年初夏，當地人都會捕捉魚苗並出售獲利。人販子至今已向福建、浙江等地輸出魚苗，在魚苗存在、野生清除、運輸、投餵、養殖等方面形成了壹系列成熟的經驗。
惠濟和諸暨以南，大戶挖塘養魚。每年春天買九江魚苗配種，經常要花幾萬。此時，養魚戶將鱅魚、鰱魚、鯉魚、草魚、青魚等多種魚苗放在同壹個魚塘中，最早的混養出現了。
宋朝也開始飼養和養殖金魚，這是中國特有的觀賞魚。隨著養魚業的發展，魚病的防治也在這個時候開始了。
元代的養魚業受戰爭影響很大。在這種情況下，元朝的農業大臣下令“傍水而居，挖塘養魚”。農學家王鎮出版的農業書籍也促進了中國的養魚業。《養魚經》壹書介紹了魚塘的建造、管理和飼養方法。