1.機械設計制造及其自動化:有機械制造技術與裝備和機械設計兩個方向。
2.計算機科學與技術:合肥學院計算機科學與技術系創建於1993，是原合肥聯合大學最早的系之壹，最初是利用世界銀行貸款建立的。
3.軟件工程:合肥學院軟件工程，國家壹流本科專業，國家卓越工程師教育培養計劃專業。
4.化學工程與工藝:主要模塊:無機化學、有機化學、物理化學、儀器分析、AspenPlus、化工原理、化學熱力學、化學反應工程等。
5.生物工程:生物與環境工程系是該院最早的工程系之壹，也是與德國下薩克森州教育合作的重點系之壹。
6.數學與應用數學:數學與物理系有兩個本科專業，分別是數學與應用數學和信息與計算科學。該系下設四個教研室，即大學數學教研室、應用數學教研室、信息與計算科學教研室和大學物理教研室。
7.經濟工程:該專業是合肥學院中德合作辦學30多年的結晶。移植到德國經濟工程專業，是中國第壹個實現辦學本土化的專業。
8.物流管理:合肥學院物流管理專業歷史悠久，是由合肥聯合大學與德國奧斯納布呂克應用技術大學於1986年合作建立的企業管理專業演變而來。
9.新聞學:主要課程:中國古代文學作品選讀、中國現當代文學、美學、中國文化通論、新聞學概論等。
10，旅遊管理:合肥學院1985設置旅遊管理專業，1993省教委批準旅遊系。在安徽省旅遊業發展的長遠規劃中，這所學校被確定為安徽省培養旅遊人才的四所高校之壹。