項目計劃用三年時間(2009年7月-2065 438年7月+2002年7月)，分五個階段，采用教師培訓和普及培訓兩級培訓模式。31省(自治區、直轄市)332個設區的市，持有麻醉藥品和第壹類精神藥品的醫療機構將采取巡回講座的方式購買和使用印鑒卡，約
衛生部會同美國食品藥品監督管理局負責項目的組織和管理，包括確定培訓計劃並組織實施，確定培訓內容，指定機構具體負責培訓和評估，監督和指導培訓和評估工作。衛生部合理用藥專家委員會負責全國醫療機構藥品管理和臨床合理應用培訓的具體實施，包括制定具體工作規劃和工作計劃、編寫培訓教材、組織全國師資培訓、組織指導地方培訓、組織培訓的督導、命題和評估等。省級衛生行政部門負責組織管理本轄區內培訓項目相關工作，指導各地區培訓工作，協助組織學員考核。
衛生部要求，地方各級衛生行政部門和醫療機構要提高對醫療機構特殊管理藥品管理和臨床合理應用的特殊性和重要性的認識，充分認識開展此次培訓對提高醫療機構特殊管理藥品管理和臨床合理應用水平的重要意義，以高度負責的態度組織指導項目實施，確保培訓順利開展。地方各級衛生行政部門要積極開展此項培訓工作，認真組織好轄區內培訓項目的相關工作。培訓結束後，及時組織對學員培訓效果的檢查、督導和評估，確保培訓工作取得實效，充分結合當地實際，采取群眾易於理解和接受的方式，開展多種宣傳活動，向群眾普及特殊管理藥品的管理和合理應用知識，推動全社會支持和參與特殊管理藥品的合理應用。
合理用藥是提高藥物治療水平，降低醫療費用，使患者獲得高質量醫療服務的必要條件。提高醫療機構藥事管理水平，促進臨床合理用藥，可以保障患者獲得安全有效的藥物治療，減輕個人和政府的經濟負擔，對於實現安全、有效、便捷、廉價的醫療衛生體制改革目標具有重要意義。據介紹，為加強藥品臨床應用管理，規範醫務人員用藥行為，促進臨床合理用藥，2006年國務院頒布了《麻醉藥品和精神藥品管理條例》，衛生部先後頒布了《醫療機構藥事管理暫行規定》、《處方管理辦法》、《抗菌藥物臨床應用指導原則》、《麻醉藥品臨床應用指導原則》、《精神藥品臨床應用指導原則》、《關於進壹步加強抗生素。在2005-2008年的“醫院管理年”活動和2009年的“醫療質量萬裏行”活動中，衛生部將加強臨床合理用藥作為重要的監管內容。各地還通過完善規章制度、加強宣傳教育、監督檢查執行情況等措施，提高了合理用藥水平。衛生部和國家美國食品藥品監督管理局有關部門負責同誌，衛生部合理用藥專家委員會有關專家，各省(區、市)衛生廳(局)醫政處有關負責同誌，部分醫院院長和專家代表出席了項目啟動儀式。