壹.成員的差異:
駐疆士兵是新疆自治區結合南疆社會發展實際，每年從優秀退伍軍人中招募的特殊幹部，主要服務於南疆基層偏遠鄉鎮。對於西藏和新疆來說，這是壹個獨特的政策。
留在新疆的幹部都是新疆普通的基層幹部。可以理解為，留在新疆的士兵可以是留在新疆的幹部，但留在新疆的幹部不壹定是留在新疆的士兵。
二、入門難度的差異:
駐疆士兵的入職申請需要參加專門為退伍軍人準備的駐疆士兵考試。相比國考和新疆考，難度更低，最後錄取有公務員待遇。
而留在新疆的普通幹部，大多只能通過公務員考試才能分配到各個崗位，比留在新疆的軍人考試難度大，不容易錄取。
三、工作環境的區別:
駐疆士兵是為響應中央推動南疆發展而專門建立的，所以幾乎都分布在南疆各大基層鄉鎮，工作環境相對艱苦。
而留在新疆的幹部主要分配到北疆和南疆、喀什、和田等地，壹般只到鄉鎮壹級，個別幹部可以到縣級政府，所以環境好壹些。
第四，晉升空間的差異:
留在新疆的軍人，因為地處經濟蓬勃發展的南疆，戰略地位十分重要。所以很多從部隊轉業到新疆的戰士，都逐漸走上了更重要的領導崗位，晉升空間很大。
雖然留在新疆的幹部比內地公務員機會多，但由於南北差異，晉升空間沒有留在新疆的軍人大。