但是看完這條推文，妳可能知道壹部分。
TBtools對外開放兩年多了，時不時會有熟悉和不熟悉的人跟我聊起TBtools。TBtools在每個人的認知中可能是不壹樣的。
有些人認為TBtools只是拖延了他們所謂的生物信息學研究。
有人說TBtools保證了他們的畢業。
也有人說TBtools幫他發了壹篇文章。
或者，TBtools。。
三年前開始寫TBtools。功能很簡單，主要做序列提取，也做BlastWrapper(當時不健壯)。目的很純粹。研究組的人不會找我提取序列，也可以直接炸到轉錄組找序列。當時接觸TBtools的朋友大概都是這麽想的。
當然我後來對這方面做了各種增強，也保證了它目前的健壯性。輸入窗口，其支持不同的輸入，無論是提取序列的全長還是提取序列片段；不僅支持ID提取，還支持ID子串匹配。...
此外，還增加了基於gff3的序列提取功能，比如提取所有序列的全長CDS和全長外顯子，甚至可以壹次性批量提取壹個物種的所有啟動子序列。
除了Blast Wrapper，可能還需要調用外部程序，所以是muscle(主要是我實現的NW算法效率不高，用於多序列比對的時候就不提了)。
妳可以從子菜單中看到。
功能相對豐富，包括
無論是直接比較兩個序列、兩個序列文件，還是兩個基因組的兩個指定區間，GUI已在Blast和TBtools中提供。而且四種可視化方式往往能滿足大多數人的需求。
例如
後來因為Blast2GO太慢。基於IDmapping的邏輯，我大體上寫了壹個GO註釋的函數。當然，直接寫GO和KEGG濃縮分析的函數可能更重要。所以後來很多非模型生物的朋友都認為TBtools其實就是這麽做的。還包括壹些可視化，比如圍棋二級的可視化。後來我也寫了壹些濃縮結果的可視化。
慢慢的，我發現基於web的工具，比如Venny，明顯是很小的韋恩圖畫圖功能，網絡太差。等待緩沖總是占用我太多的時間。應該是本地化的。所以我幹脆寫了壹個最多支持六組的維恩圖工具。當然也有後期的冷門劇情工具。
染色體上顯示的基因，像MapChart等工具。
另外由於壹些工具，比如熱圖繪制，我覺得用起來確實不方便。或者參數太少，或者各種細節不容易調整。所以我還寫了壹個熱圖工具。
所以，可能有些朋友確實認為妳的工具只是壹個畫圖工具包。
文氏圖和擾亂圖
當然也可以直接畫SeqLogo。
綜合我之前發的推文，總的來說，有了TBtools，大家不用任何命令行或者Linux或者虛擬機操作，就可以完成常見的基因家族分析。
壹般包括的工具有:
好像有些培訓機構提供線上線下的基因家族分析培訓，各種需要用到的虛擬機，Linux，命令，腳本都可以扔掉。常見的基因家族分析項目可能只需要TBtools。
為此，朋友們開始定義TBtools: TBtools是壹個基因家族分析工具包。在我看來，其實這些朋友對TBtools有很大的誤解。我從來沒有想過要寫壹個基因家族分析的工具。不是因為TBtools要做基因家族分析的工具，而是因為基因家族分析本身就是每個人都需要和了解的生物數據分析基本功。我只是簡化了這些技能的實現。
如下，在我寫的TBtools裏，可能很多人想不到函數。
TBtools與其說是妳想的基因家族分析工具，不如說是比較基因組分析工具，所以看起來比較高大上。
在過去的半個月裏，在課題組的安排下，我參與了壹些與基因組分析相關的工作；
基因組分析本身實際上是壹項智力和體力活動。在分析的過程中，我們也發現了壹些可能讓大家從中獲取生物信息的分析方法。
所以我花了兩個晚上寫了幾個工具。
加上之前TBtools中存在的壹些工具，相信對做基因組分析的朋友會有幫助。
但是請註意，我不能保證這些工具的使用，除非我贊助了我們課題組的戶外拓展活動或合作單位。
MCScanX是比較基因組分析的常用工具。我已經把它打包成TBtools了，所以即使是windows用戶也可以很容易地分析它。此外，用戶無需確保gff文件和blast文件的名稱相同。
關於這個工具的詳細信息，請參見微信官方賬號之前的推文。
Ka/Ks的計算經常受到質疑。其實如果單純計算NG算法是非常容易實現的。目前，KaksCalculator2和PAML被廣泛使用。這兩個軟件都是大牛軟件。在TBtools中，我終於打開了去年或者前年實現的NG計算邏輯，打出了非常方便的GUI。用戶幾乎只用CDS序列和基因對就可以直接計算信息，而不用浪費時間在文件格式排列上。
工具在不斷優化和發展。
分析的門檻也會不斷被突破。
也許讓每個人都有能力進行壹些分析，也是促進壹些事情發展的壹種方式。
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每年夏天，課題組都有內部的學生信入門培訓，主要針對實驗室的新生(以及主要從事濕實驗的成員)。我壹直收到這樣的想法，其他課題組想了解我們課題組學生來信的數據分析。因此，經過博士生導師的提議和課題組的討論，我們計劃在今年暑期(7-8月間)增加10個學生信基礎培訓名額(以前只是在課題組內部培訓，不對外開放)。參見/