公司Logo註冊商標的流程大致如下：
1、商標查詢。
2、準備材料。
3、提交申請。將準備好的材料提交給國家知識產權局?商標局或委托專業的商標代理機構?進行申請。
4、形式審查和實質審查。商標局會對提交的申請進行形式審查，並在通過後進行實質審查，以確保商標符合註冊要求，沒有侵犯他人的在先權利。
5、公告和異議期。通過實質審查的商標將在相關媒體上公示，允許公眾提出異議。如果在公示期內沒有異議，商標將被核準註冊。
6、領取註冊證書。
綜上所述，雖然公司logo自創作完成時起自動擁有版權，但註冊版權可以為公司提供更明確的法律保護和行政便利。
法律依據：
《中華人民***和國著作權法》
第十壹條
著作權屬於作者，本法另有規定的除外。
創作作品的自然人是作者。
由法人或者非法人組織主持，代表法人或者非法人組織意誌創作，並由法人或者非法人組織承擔責任的作品，法人或者非法人組織視為作者。