這兩者是沒有任何實質性區別的，只是有些需要進出口的產品需要有相關的產品手續，其中有壹項包括知識產權，就是品牌的商標註冊證書。
海關備案：是指要求海關對其知識產權實施保護的權利人，將其知識產權的法律狀況、有關貨物的情況、知識產權合法使用情況和侵權貨物進出口情況以書面形式通知海關總署，以便海關在對進出口貨物的監管過程中主動對有關知識產權實施保護。根據2003年12月修訂的《知識產權海關保護條例》，知識產權備案不再是海關對知識產權實施保護的前提，未進行知識產權備案的權利人仍然有權向口岸海關申請扣留進出口的侵權貨物。但是，事先是否進行知識產權備案，在實踐中有很大的差異。
商標註冊：是指通過商標局申請核準註冊的，並下發核準註冊證書的，受《商標法》保護。