1，民事訴訟的目的重在彌補損害，行政投訴重在懲罰侵權人。所以商標所有人如果以索賠為主要目的，可以直接提起民事訴訟。在行政投訴中，雖然根據《商標法》第六十條第三款的規定，當事人可以請求工商行政管理部門對侵犯商標專用權的賠償數額爭議進行調解。但調解結果不能作為法院強制執行的依據。當事人未達成協議或者調解書生效後不履行的，權利人仍需提起民事訴訟，以取得強制執行的名義。如果只提起民事訴訟，由於有和解的可能，權利人可以不再追究侵權人的行政責任，在和解協商過程中可以壹定程度增加民事賠償金額。但在民事訴訟中，大部分舉證責任在原告，原告舉證困難。
2.即使原告能夠證明商標侵權的事實，也應當根據《商標法》第六十三條的規定和權利人因侵權所遭受的實際損失確定商標侵權的賠償數額；實際損失難以確定的，可以按照侵權人因侵權所獲得的利益確定；權利人的損失或者侵權人的利益難以確定的，應當參照商標許可費的倍數合理確定。按照上述方法難以確定的，人民法院應當根據侵權行為的情節，判決300萬元以下的賠償。壹般來說，在實踐中，原告很難證明商標侵權的損失和被告的利潤，大多數法院會根據職權決定賠償的數額。
3.如果先進行行政投訴，工商部門依職權調查，獲取相關證據會容易很多。商標權人可以在工商部門行政處理後提起民事訴訟，自行或向法院申請向工商部門獲取相關證據材料，在取證中處於有利地位。同時，工商部門可以依據職權查封或者扣押涉嫌侵權的商品。雖然在民事訴訟中也可以進行保全，但在實踐中往往不如行政機關快捷方便。而《商標法》第60條第2款規定的商標侵權行政責任更為嚴厲。因此，行政投訴在這幾點上具有優勢，是權利人打擊假冒侵權的唯壹選擇。
4.然而，行政投訴也有不利之處。壹是因為行政處理不是終局的，被處理的侵權人可以對行政處罰提起行政復議或行政訴訟。工商部門在處理有爭議的商標侵權案件時會非常謹慎，比如類似的商標案件，當事人有壹定許可關系的爭議案件，傾向於不予處理，或者勸當事人提起民事訴訟。二是行政投訴後車停不下來。行政申訴後，權利人和侵權人達成和解。權利人要求撤回行政投訴的，根據《國家工商行政管理總局關於當事人協商解決後如何追究侵權人行政法律責任的批復》(商標案[2004]第11號)，對於工商行政管理部門已經立案但尚未作出行政決定的商標侵權案件， 工商行政管理部門可以根據侵權行為是否侵害公共利益和消費者權益以及情節輕重等具體情況，追究侵權人的行政法律責任。 因此，行政申訴後，當事人不再擁有處理行政案件的主導權。