1.購買農業生產者銷售的免稅農產品，取得或開具購貨發票時，扣除額壹般為9%(發票進價×9%)，深加工產品扣除額為10%(發票進價×10%)。
例1:購買果農生產的壹批水果(免稅農產品)，取得進價為10000元的購貨發票。
(1)如果直接銷售，抵扣進項稅= 10000× 9% = 900元，這批水果的成本=10000-900=9100元；
(2)若13%產品進壹步加工，則抵扣進項稅額= 10000×10% = 1000元，該批水果成本=10000-1000=9000元。
2.取得壹般納稅人開具的9%專用票或海關開具的9%進口繳款書，壹般情況下，從票中扣除9%，深加工產品扣除13%。
例2:從水果經銷商(壹般納稅人)處購買壹批水果，取得價格為10000元，增值稅900元的增值稅專用發票。
(1)直銷，抵扣進項稅= 10000× 9% = 900元，是票面註明的稅額；這批水果的成本=面值的免稅金額10000元；
(2)若13%產品進壹步加工，則抵扣進項稅額= 10000×10% = 1000元，該批水果成本= 10900-進項稅額1000 = 990。
三、取得簡易計稅的小規模納稅人，扣除9%(發票不含稅額×9%)，深加工產品扣除13%。
例3:從水果經銷商(小規模納稅人)處購買壹批水果，取得價格為10000元的增值稅專用發票，增值稅為300元。
(1)如果直接銷售，抵扣進項稅= 10000× 9% = 900元，這批水果的成本=價稅總額10300-進項稅900=9400元；
(2)如果壹步加工13%的產品，抵扣進項稅額= 10000×1000元，則這批水果的成本= 10300-進項稅額1000 = 90。
(3)取得增值稅普通發票的，不允許抵扣進項稅，該批水果成本=價稅合計10300元。
四、從批發和零售環節購買免稅蔬菜、部分鮮肉和鮮蛋取得的普通發票不得抵扣進項。(因為是免稅的，所以只能開普通票，進項自然不能抵扣)。
法律依據
《增值稅暫行條例》第八條規定，納稅人購買貨物或者接受應稅勞務(以下簡稱購買貨物或者應稅勞務)支付或者負擔的增值稅為進項稅額。
下列進項稅允許從銷項稅中扣除:
(1)從賣方取得的增值稅專用發票上註明的增值稅。
(2)從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅。
(3)購買農產品，除取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上註明的農產品收購價格和65，438+03%的扣除率計算進項稅額。進項稅計算公式:
進項稅=進價×扣除率
(四)在生產經營過程中購進或者銷售貨物並支付運輸費用的，按照運輸費用結算單註明的運輸費用金額和7%的扣除率計算進項稅額。進項稅計算公式:
進項稅=運輸費用金額×扣除率
扣除項目和扣除率的調整由國務院決定。
《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於農民專業合作社有關稅收政策的通知》(財稅(2008)081號)規定，增值稅壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農產品，可按13%的扣除率扣除。