關於商標營銷體系的建設，其中有壹個關鍵環節，就是商標的組織結構設計，也就是通過什麽樣的部門結構來理順企業營銷的命令執行鏈條。不合理的商標組織結構，會造成企業人員之間的內訌和營銷資源的浪費。
例如，有的企業擁有單壹商標，並且按照產品品類來設置銷售部門，本來其初衷是要保持同壹商標下所有產品種類的平衡發展，這壹點也無可非議。但是各個品類在區域市場的銷售卻出現了不合商標形象定位的現象，如A品類主打高端市場，而B品類卻咬著低端市場不放，C品類在流通市場和競爭對手打起了價格戰，這就造成同壹區域市場的消費者對於商標定位出現混亂的局面，使得商標無法樹立統壹的市場形象。問題就出在企業沒有統壹的商標管理部門來協調各個品類對於整個商標形象的積極靠攏。
又如，實施多商標戰略的企業，采取了按照營銷職能來劃分的組織結構，致使各個子商標在同壹個職能經理的領導下，出現不均衡發展的現象，如為了完成公司本部的銷售任務和利潤指標，該經理往往著重扶植已經處於市場強勢地位的子商標，而無暇顧及處於成長階段子商標的培育工作，最後要面臨若幹子商標在該區域退市的風險。
合理的組織設計，能夠幫助企業在專業化或者多元化、單壹商標或者多商標戰略框架之內的業務和商標的***同提升，而不合理的商標組織設計，會殃及商標旗下不同業務之間的沖突，沖垮業務的同時，也影響了商標的競爭力。
商標組織設計，是關於商標管理在組織結構方面的運營模式的集中體現。對於企業來講，要保證這個體系的高效運轉，並沒有唯壹的標準答案。而只能根據商標定位、產品組成、職能劃分等因素綜合權衡，才能構建壹套科學的商標組織架構。
職能制。適合於單壹商標、單壹品類運作的企業。這類企業產品線單壹，對於產品開發的主要精力也花在了產品線的深度設計上，也是最為簡單的商標組織結構，國內不少企業采用這種模式來運作商標。聽起來，好像模式簡單，但是問題往往出現在各個職能部門之間的步調不統壹、不合作等方面。在以工作專門化為基礎的職能制組織結構下，商標管理者發揮統壹調度、協同作戰的能力是至關重要的。事業部。適合於單壹商標、多種品類運作的企業。這類企業往往在單壹商標項下，開展相關領域