校徽
體現南通大學新校區建築設計“水鄉書院”的意象：好象綠色的玉壁，鑲嵌在江海之濱。外形設計處理成擊打傳聲的玉磬，“清亮之聲，聞者傾倒”。有別於震旦的鐘聲，喻示南通大學通古納今傳承文明的歷史責任。其形也如升騰的風箏和具有地域特色的瓦當。自下而上，由短到長對稱排列遞次舒展的五根曲線，恰似五山疊翠，又如傳統水紋，暗喻南通瀕江臨海的地理位置，也體現學校多學科的綜合性。校徽簡潔明快、言簡意賅，壹形多義，既富於傳統文化底蘊、地域特色，又具現代圖式的特征和新穎別致的原創性，與兄弟院校校標並置別具壹格，圖案所傳遞的蓬勃向上的視覺張力，體現了南通大學這所新世紀新學校的新的精神風貌。
校訓
分別取自於張謇先生為原南通學院醫科、紡織科所提訓詞“祈通中西 以宏慈善”、“忠實不欺 力求精進”。“祈通中西”是南通大學的教育理念，同時也是學校事業發展的目標。“力求精進”是南通大學的核心價值觀和始終保持的精神狀態。“力求”是壹種態度，是在目標下的積極進取的精神狀態。“精進”意指精心壹誌，努力上進，開拓進取，拼搏攀登，為推動社會發展作出貢獻。“精”有精確、精致、精美的含義，內生有科學、完美的意蘊。“進”是壹種發展的狀態。“精”、“進”兩者合用表達了追求完美的價值取向。南通大學是壹所年輕的綜合性大學，要實現“立足南通、服務全省、面向全國、逐步走向世界”的目標，務必使我們每壹個通大人始終保持追求卓越、盡善盡美的價值追求，始終保持不斷進取、敢於爭先的良好精神狀態。“祈通中西 力求精進”的內涵具有解釋的廣延性，校訓的意義也是在凝聚人心、引導行為、形成傳統的過程中，不斷彰顯和深化的。 南通大學學生會是在校黨委和省學聯的領導下、校團委的具體指導下的大學生自治組織，是南通大學學生“自我管理、自我教育、自我服務”的群眾性組織。2007年，南通大學學生會成為江蘇省學生聯合會副主席單位。南通大學學生會實行主席團領導下的部長負責制，下設辦公室、新聞傳媒中心（網絡通信部、宣傳編輯部）、人才培訓中心（學習調研部、培訓部）、校園文化中心（文藝部、體育部）、權益服務中心（生活權益部）、對外聯絡中心（實踐部、社會聯絡部）、品牌活動部。南通大學學生會本著“自我管理、自我教育、自我服務”的宗旨，為學校文明建設服務，為繁榮校園文化服務，為學生的成長、成才服務。
南通大學學生社團聯合會是在學校黨委領導下，由團委指導，監督和管理的具有群眾性的學生社團聯合體，它是構建我校“壹體兩翼”團建工作格局的重要組成部分。積極倡導學生社團自我教育、自我管理，自我發展和自我服務，開展健康有益，豐富多彩的課內外活動，發揮校與學生社團的橋梁和紐帶作用，加強校內各學生社團之間的溝通與交流，加強學生社團之間的合作與資源整合，協調學校其他學生組織相關工作，以展同兄弟院校學生社團聯合會的橫向交流與合作，增進了解和加深友誼。
南通大學大學生科學技術協會是在學校黨政領導下，由校團委和校科協具體指導的學生學術科技團體，是學生倡導創新理念、開展科技創新活動的全校性學生學術研究團體。大學生科協立足本校，面向社會，負責學生課外學術科技活動的組織管理工作。校大學生科協打造了“大學生課外學術科技作品競賽”、“大學生創業計劃競賽”、“青年創業論壇”、“科普宣傳周”、“ 校園精英挑戰賽”等品牌活動。