省級人民政府農業行政主管部門下設的綠色食品工作機構(以下簡稱省級工作機構)負責本行政區域內綠色食品標誌使用申請的受理、初審和跟蹤檢查。第六條綠色食品的產地環境、生產工藝、產品質量、包裝、儲運等標準和規範由農業部制定並公布。第七條承擔綠色食品產品和產地環境檢驗的技術機構應當具備相應的檢驗條件和能力，並依法取得資質。中國綠色食品發展中心按照公平、公正、競爭的原則擇優錄取，並報農業部備案。第八條縣級以上地方人民政府農業行政主管部門應當鼓勵和支持綠色食品生產，將其納入當地農業和農村經濟發展規劃，支持綠色食品生產基地建設。第二章標誌使用的申請和批準第九條申請使用綠色食品標誌的產品應當符合《中華人民共和國食品安全法》和《中華人民共和國農產品質量安全法》的規定，在國家工商行政管理總局商標局核準的範圍內，並符合下列條件:
(壹)產品或者產品原料的環境符合綠色食品產地環境質量標準；
(二)農藥、化肥、飼料、獸藥等投入品的使用符合綠色食品投入品使用指南；
(3)產品質量符合綠色食品產品質量標準；
(4)包裝、儲運符合綠色食品包裝、儲運標準。第十條申請使用綠色食品標誌的生產單位(以下簡稱申請人)應當具備下列條件:
(壹)能夠獨立承擔民事責任；
(二)具備生產綠色食品的環境條件和生產技術；
(三)具有完善的質量管理和質量保證體系；
(四)有與生產規模相適應的生產技術人員和質量管理人員；
(五)有穩定的生產基地；
(六)申請前三年內無質量安全事故和不良信用記錄。第十壹條申請人應當向省級工作機構提出申請，並提交下列材料:
(壹)標誌使用申請書；
(二)資質證明材料；
(3)產品生產技術規程和質量控制規範；
(四)預包裝產品的包裝標簽或者其設計樣本；
(5)中國綠色食品發展中心要求的其他證明材料。第十二條省級工作機構應當自受理申請之日起十個工作日內完成材料審查。符合要求的予以驗收，並組織有資質的檢驗人員完成產品和原料生產期間的現場檢驗；不符合要求的，不予受理，書面通知申請人並告知理由。
現場檢查合格的，省級工作機構應當書面通知申請人，由申請人委托符合第七條規定的檢測機構對申請產品及相應的生產環境進行檢測；現場檢查不合格的，省級工作機構應當退回申請，並書面告知理由。第十三條檢測機構接受申請人委托後，應當及時安排現場采樣，在產品采樣之日起20個工作日內和環境采樣之日起30個工作日內完成檢測工作，出具產品質量檢驗報告和產地環境監測報告，並提交省級工作機構和申請人。
檢測機構應當對檢測結果負責。第十四條省級工作機構應當自收到產品檢驗報告和產地環境監測報告之日起二十個工作日內提出初審意見。初審合格的，將初審意見及相關材料提交中國綠色食品發展中心。初審不合格的，退回申請，並書面告知理由。
省級工作機構對初審結果負責。第十五條中國綠色食品發展中心應當自收到省級工作機構提交的申請材料之日起三十個工作日內完成書面審查，並在二十個工作日內組織專家評審。必要時，應當進行現場檢查。第十六條中國綠色食品發展中心根據專家意見，在五個工作日內作出是否頒發證書的決定。同意認證的，與申請人簽訂綠色食品標誌使用合同，頒發綠色食品標誌使用證書，並予以公告；不同意認證的，書面通知申請人並告知理由。