（1）商標行政訴訟案件的管轄。行政訴訟法第十七條規定：?行政案件由最初作出具體行政行為的行政機關所在地人民法院管轄。經復議的案件，復議機關改變原具體行政行為的，也可以由復議機關所在地人民法院管轄。?這壹規定表明，壹般情況下行政案件是由被告所在地的人民法院管轄。同時，行政訴訟法第二十五條規定，兩個以上行政機關作出同壹具體行政行為的，***同用出具體行政行為的行政機關是***同被告。對此，行政訴訟法第二十條規定：?兩個以上人民法院都有管轄權的案件，原告可以選擇其中壹個人民法院提起訴訟的，由最先收到起訴的人民法院管轄。?
（2）商標行政訴訟案件的範圍。根據行政訴訟法第十壹條第八項規定，公民、法人或其他組織?認為行政機關侵犯其人身權、財產權的?可以提起行政訴訟。當事人對所有涉及到財產權的處罰不服，都可以提起訴訟。就商標行政訴訟案件講，根據商標法及其細則規定，當事人對工商行政管理機關對下列7項行為處罰不服的，可以提起行政訴訟。
a、使用商標的商標商品粗制造，以次充好，欺騙消費者的；
b、國家規定必須使用註冊商標的商品，沒有使用註冊商標在市場上銷售的；
c、未註冊商標冒充註冊商標使用的；
d、使用的商標屬於商標法第8條規定，不得作為商標使用的文字、圖形的；
e、侵權註冊商標專用權，工商行政管理機關責令停止侵權行為、罰款；
f、對有毒、有害並且沒有使用價值的商品予以銷毀的；
g、封存或者收繳商標標識的。
（3）商標行政訴訟中的被告。在行政訴訟中，被告是指經原告認為侵犯其合法權益，並由人民法院通知應訴行的行政機關。商標行政訴訟中的被告，是對商標違法行為給予行政處罰的工商行政管理局。被告地位的確定是因人民法院通知應訴，而不同源於原告提起訴訟。只有經人民法院通知應訴，被告才享有訴訟中的權利和承擔訴訟中的義務。商標行政訴訟中的被告的範圍是特定的，僅限於工商行政管理機關。
（4）商標法實施細則規定了復議前置，即當事人對行政處罰不服，必須先經過復議。經復議的案件，復議機關決定維持原具體行政行為時，作出原具體行政行為的行政機關是被告。上級工商行政管理機關在復議後，如果維持了原處罰決定，那麽對當事人的權利義務發生拘束力的是原處罰決定，根據法律規定，作出原處罰決定的工商行政管理機關是被告；如果改變原處罰決定，地當事人的權利義務發生拘束力的是復議決定，這時，作出復議的上級工商行政管理機關應是被告。兩個以上行政機關用出同壹具體行政行為時，***同作出具體行政行為的行政機關是***同被告。在壹般情況下，具體行政行為是由單個行政機關作出的，但並不排除兩個以上行政機關***同作出的可能性。由行政機關委托組織所作出的具體行政行為，委托行政機關是被告。工商所是縣級工商行政管理機關的派出機構，根據商標法規定，工商所不應該以自己名義對商標違法案件進行處理，但它可對商案件進行調查，執行縣級工商行政管理機關的處理決定，被處罰人不服提起行政訴訟的，派出工商所的縣級工商行政管理機關為被告。
（5）商標評審案件不屬行政訴訟案件範圍。確定商標權的案件當事人不得提起行政訴訟，但可以向商標評審委員會申請復審。根據商標法規定，是否授予商標專用權以及是否撤銷壹個註冊商標專用權是行政職責範圍內的事，屬於行政處理範疇。例如，當事人以駁回商標註冊申請不服的，可以申請復審，由商標評審委員會做出終局決定。對已註冊商標有爭議的，也由商標評審委員會作出終局裁定，所謂終局決定可裁定，就是當事人不能再到人民法院起訴，人民法院也不能對之裁定或判決，至於民事賠償部分，工商行政管理機關實質上從事的是調解工作，當事人不服，可以向人民法院提起民事訴訟，由法院對於賠償額和付款方式進行判決。
（6）商標行政訴訟案件適用法律壹定要準確，定性為商標侵權的案件，應當以商標法及其實施細則為依據予以處理。不要適用其他行政法規、地方性法規處理
（7）防止超越權利處理商標案件。商標違法案件經常同其他違法案件聯系在壹起，案件中當事人違反了商標法規，同時也違反了其他工商管理法規或者的案件中當事人，在違反商標法規的同時又違反了其他非法工商管理法規。防止超職權處理案件，主要註意兩個方面：壹是不處理法規明確規定由其他機關處理的案件；二是不適用應由其他機關適用的法規。
（8）關於商標侵權的賠償案件。當事人對工商局責令賠償經濟損失不服，不應作為行政訴訟。查處商標侵權案件中的責令賠償，具有明顯的民事性質，賠與不賠，賠多賠少，都是侵權人之間的問題，工商行政管理機關是處於壹種中間人的位置。要告訴當事人，工商行政管理機關對賠償問題只作調處，如不服調處，可以向人民法院提起民事訴訟。
（9）在查處商標侵權案件中，對侵權性質的認定工作，壹般是由承辦案件的工商局進行，認定不了的，可逐級請上壹級工商局認定。但有的假冒商標，從商標標識上無法區分真假。有時質量問題可用為間接證據，引導我們註意可能存在假冒商標問題。壹般來說，如果沒有證據證明某個商品是假冒的，就不能認為它是假冒商標。在認定性質時，除了從註冊人那裏獲取直接證據外，有時若查到了假冒商品行為人，也可以直接認定。