1）查詢註冊詞是否為禁止註冊詞
註冊的詞如果本身缺乏顯著性，或屬於商標法律禁註禁用，不能通過商標查詢來判斷其申請註冊是否能被核準；而哪些詞是禁止註冊的詞，有很多，現在的壹些商標查詢軟件都還沒有對這塊進行整理。
2）查詢盲區
如有在先申請的相同，或近似商標在查詢時還未進入商標局數據庫，因兩者時間相近會使查詢結果無法反映；
3）審查標準
如查詢報告提供了幾個可能構成近似的商標，代理人只是通過壹般審查標準和經驗來做出分析，其意見僅供參考，並不能代表商標局的審查意見；
4）組合商標分開查詢
對於組合商標，如僅查詢了商標的壹部分（如中文或英文），而實際申請商標中的其它部分（如圖形）與他人的註冊商標相同或近似也會導致商標整體被駁回；
5）商標設計影響查詢結果
委托人在查詢時僅提供了商標的名稱，但實際申請時所提供的商標設計稿中由於字體、色彩、結構或排列的差異，也會導致查詢結果不能完全反映相同或近似的程度。