後期指定的申請人資格，國內的基礎註冊，基礎申請與後期指定締約方的關系等基本上與商標國際註冊申請相同，但商品或服務的範圍及其類別可以有所不同。不同是指縮小商品或服務的範圍或減少類別。
我國商標國際註冊的註冊人申請與《馬德裏協定》有關的後期指定的，應當通過商標局向國際局提交申請。申請與《馬德裏議定書》有關的後期指定的，可以通過商標局向國際局提交申請，也可以由申請人直接向國際局提交申請。通過商標局向國際局提交申請的，應當填寫並提交英文或法文申請書以及中文申請書。申請人直接向國際局提交申請的，僅填寫並提交外文申請即可。無論是通過商標局向國際局提交申請，還是不通過商標局提交申請，申請人可以根據自己的意願決定是否委托代理人代理。 後期指定的英文申請表格為“MM4(E)”、法文為“MM4F(F)”， 申請人可以從國際局網站上下載。後期指定的中文申請書式由商標局提供。
商標局收到後期指定申請後，對其進行形式審查，但不作實質審查。其審查程序基本同於領土延伸申請的審查(包括費用的審查)。審查完畢後，商標局將申請寄交國際局。
國際局收到後期指定申請之後，對其進行形式審查，並在註冊簿上登記，予以公告。此外，國際局向被後期指定的締約方主管局寄送後期指定申請書。
由於後期指定申請等同於商標國際註冊保護申請，這就決定了被後期指定的締約方主管局將依據該締約方的法律，對後期指定申請進行實質審查。審查程序基本上與對領土延伸申請的審查無異。經審查，認為符合法律規定的，準予保護。由於國際局公告後期指定的申請，所以，被後期指定締約方可以不再公告準予保護的商標，即使公告，申請人也無義務繳納公告費。其他機構無權要求申請人在被後期指定的締約方裏公告其商標。如果經審查，認為後期指定申請不符合法律規定的，被後期指定締約方主管局駁回申請，並書面通知國際局。駁回的時限根據被後期指定締約方受《馬德裏協定》或《馬德裏議定書》約束情況而定。駁回日期始於後期指定申請書上的通知日期。國際局收到駁回通知書後，將該駁回通知書寄交申請人或其代理人。申請人對駁回不服的，可以在駁回通知書註明的法定期內，向被後期指定締約方的復審機關申請復審，或向司法機關起訴。