鼓勵創新能力提高和加強對專利權保護，是這次《專利法》修改的主旋律，貫穿於專利法的始終。2000 年《專利法》第二次修改時規定：“為了保護發明創造專利權，鼓勵發明創造，有利於發明創造的推廣應用，促進科學技術進步和創新， 適應社會主義現代化建設的需要，特制定本法。” 該條與之前的《專利法》相比，主要是突出了“科學技術創新”的重要意義和作用，使“創新”第壹次在中國《專利法》中獲得了前所未有的地位。本次修改《專利法》則進壹步提升了專利立法促進創新的重大意義和使命。規定：“為了保護專利權人的合法權益，鼓勵發明創造，推動發明創造的應用，提高創新能力，促進科學技術進步和經濟社會發展，制定本法”。與2000 年《專利法》相比，主要是強調了“提高創新能力”，同時將“有利於發明創造的推廣應用”修改為“推動發明創造的應用”，強化了《專利法》在促進發明創造應用方面的功能和作用，與“提高創新能力”壹脈相承。這壹修改具有深厚的現實原因和前瞻意義，證實中國已將提高自身創新能力、建設創新型國家作為國家政策和戰略舉措。
（二）註重提升專利質量
《專利法》實施初期，基於當時經濟、科技和社會發展水平的相對落後以及發明創造和自主創新能力的不足，為了鼓勵發明創造，保證專利申請和授權量的原始積累和後期增長，對於專利授權條件采取了較低的標準。比如在發明、實用新型和外觀設計專利新穎性標準上沒有采用多數國家的絕對新穎性標準，而是采取了更為寬松的相對新穎性標準，即對現有技術和現有設計規定了不同的地域範圍。這種相對新穎性標準既減少了專利審查員審查專利申請的負擔，又適當增加了專利數量，在壹定程度上提高了專利申請的積極性，並增加了專利權的穩定性。
隨著專利制度的不斷完善和創新能力的不斷增強，我國專利申請數量呈逐年大幅增長趨勢。截至2009年3月，***受理的專利申請總量突破500萬件。專利授權量同樣保持較高的增長速度，截至2008年12月，***授予專利權250余萬件，近五年的專利授權量占《專利法》實施以來23年授權總量近60%。在我國的專利申請和授權的絕對數量已躋身世界前列的同時，從有效專利持有量、關鍵技術專利掌握情況等專利質量衡量指標分析，我國與世界專利強國仍有較大差距。《專利法》面臨的問題已經轉變到如何提高專利質量，如何充分發揮專利制度促進自主創新上。因此有必要通過嚴格專利授權標準等措施促進專利質量的優化。
在《專利法》第三次修改中，將專利新穎性標準由相對新穎性改為絕對新穎性。同時，對外觀設計專利制度進行了改革，增加了類似發明和實用新型專利的“創造性”標準，避免通過模仿現有設計或簡單拼湊現有設計特征而形成的外觀設計獲得專利權。規定“對平面印刷品的圖案、色彩或二者的結合作出的主要起標識作用的設計”不授予專利權；引入了關聯外觀設計專利申請制度。通過充分保護外觀設計專利申請人的正當權益，激勵其從事外觀設計創新，進而促進我國外觀設計整體水平的提升。
（三）加強對專利權的保護
作為保護發明創造成果的壹種私權，專利權以其專有性和排他性的特點，使相關發明創造在壹定期限內依法為權利人所獨占，並通過自己實施或許可他人實施專利使創新付出獲得回報。專利法律制度從國家立法層面對這種獨占性權利加以保護，有助於激發人們的創新熱情，促進科技發展。《專利法》第三次修改擴大了專利權保護範圍、提高了行政處罰力度、完善了對專利權人的保護措施。
1、擴大專利權保護範圍
新《專利法》第11 條第2款規定：“外觀設計專利權被授予後， 任何單位或者個人未經專利權人許可，都不得實施其專利，即不得為生產經營目的制造、許諾銷售、銷售、進口其外觀設計專利產品”。增加了外觀設計專利權人的“許諾銷售權”，使三種專利權保護達到均衡，更好的維護了外觀設計專利權人的權益。
2、提高了行政處罰力度
我國專利權保護采取專利行政保護和司法保護兩條途徑。實踐證明，專利行政執法符合中國的國情，對於及時制止專利侵權行為，維護專利權人的合法權益，維護社會經濟關系的穩定起了重要作用。由於專利行政執法在中國專利權保護中壹直占有重要地位，新《專利法》不但保留了這壹模式，而且提高了行政處罰標準，並參照《商標法》、《著作權法》等知識產權專門法的規定，強化了專利行政執法權限。具體地說，體現在以下兩方面規定上：
壹是整合了對假冒他人專利和冒充專利處罰，並提高了行政處罰標準。2008 年《專利法》將2000 年《專利法》第58 條、第59 條合並為第63 條，修改為：“假冒專利的，除依法承擔民事責任外，由管理專利工作的部門責令改正並予公告，沒收違法所得，可以並處違法所得四倍以下的罰款；沒有違法所得的，可以處二十萬元以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任”。
二是賦予了管理專利工作的部門查處假冒專利行為所必需的行政執法手段。2008 年《專利法》增加壹條，作為第64 條：“管理專利工作的部門根據已經取得的證據，對涉嫌假冒專利行為進行查處時，可以詢問有關當事人，調查與涉嫌違法行為有關的情況； 對當事人涉嫌違法行為的場所實施現場檢查；查閱、復制與涉嫌違法行為有關的合同、發票、賬簿以及其他有關資料；檢查與涉嫌違法行為有關的產品，對有證據證明是假冒專利的產品，可以查封或者扣押。管理專利工作的部門依法行使前款規定的職權時，當事人應當予以協助、配合，不得拒絕、阻撓”。這壹條與中國現行《商標法》第55 條規定有相似之處，旨在通過賦予管理專利工作的部門查處假冒專利行為的行政職權，強化專利行政執法力度，進壹步加強對專利權的保護。
3、完善保護專利權人的措施
此次修改明確將權利人的維權成本納入侵權賠償的範圍，完善了對專利權人財產的保護。同時增加訴前臨時措施與訴前證據保全的規定，進壹步為積極保護專利權人權益增添了法律保障。
壹是明確侵犯專利權的賠償應當包括權利人維權的成本，增加了法定賠償的規定。2000 年《專利法》第60 條規定：“侵犯專利權的賠償數額，按照權利人因被侵權所受到的損失或者侵權人因侵權所獲得的利益確定；被侵權人的損失或者侵權人獲得的利益難以確定的，參照該專利許可使用費的倍數合理確定”。該規定存在以下兩個問題：壹是沒有明確對權利人因被侵權所受到的損失或者侵權人因侵權所獲得的利益，應選擇哪壹個作為優先的計算方式；二是沒有考慮在其規定的三種方式均難以計算的情況下，如何確定專利侵權損害賠償額。為解決上述問題，新《專利法》規定：侵犯專利權的賠償數額按照權利人因被侵權所受到的實際損失確定；實際損失難以確定的可以按照侵權人因侵權所獲得的利益確定。權利人的損失或者侵權人獲得的利益難以確定的，參照該專利許可使用費的倍數合理確定。賠償數額還應當包括權利人為制止侵權行為所支付的合理開支。權利人的損失、侵權人獲得的利益和專利許可使用費均難以確定的，人民法院可以根據專利權的類型、侵權行為的性質和情節等因素，確定給予1萬元以上100萬元以下的賠償。這樣，壹方面增加了專利侵權糾紛中損害賠償額確定的可操作性；另壹方面明確建立了專利侵權損害的法定賠償制度，與《著作權法》、《商標法》的規定達成壹致。
二是增加了訴前臨時措施與訴前證據保全的規定。實踐中，有時會出現正在實施或者即將實施侵犯專利權人的專利權的行為，如不及時制止將會使專利權人合法權益受到難以彌補的損害的情況。但按照通常的訴訟程序，需要先行起訴，等到人民法院的判決發生法律效力時才能徹底制止侵權人侵犯專利權的行為。這時侵權行為業已發生甚至已經造成了嚴重後果。因此，為了充分保護專利權人的合法權益，很多國家專利立法規定了訴前的“臨時措施”，即在訴前向法院申請責令停止有關行為。《專利法》在2000 年第二次修改時也增加了這壹制度。2008 年《專利法》對訴前責令停止有關行為在程序上進行具體的規範，便於在實踐中操作。此外，為防止侵權人在專利權人起訴之前轉移、毀滅證據，增加規定：為制止專利侵權行為，在證據可能滅失或者以後難以取得的情況下，權利人可以在起訴前向人民法院申請證據保全。
（四）進壹步促進技術應用
壹方面，新《專利法》規定專利權***有人可以單獨實施或者以普通許可方式許可他人實施該***有專利。既保障***有人對***有專利的合法權利，又促進***有專利的實施。增加防止專利權濫用的規定，針對不實施或不充分實施其專利的行為以及因行使專利權構成壟斷行為等進壹步明確規定了強制許可手段。促進專利技術的流通和推廣應用。另壹方面，為防止惡意利用已公知的現有技術申請專利，阻礙現有技術實施，幫助現有技術實施人及時從專利侵權糾紛中擺脫出來，引入了現有技術抗辯原則，規定實施的技術如果屬於現有技術，不構成侵犯專利權。
（五）履行國際條約
遵守知識產權國際公約、國際規則壹直是中國知識產權立法的重要原則之壹。中國《專利法》從授權標準、保護水平到強制許可等壹系列制度設計中都體現了這些國際規則的精神。為達到相關專利國際公約的要求和履行對外承諾，根據國際知識產權公約的最新發展以及我國加入國際公約的情況，適時對《專利法》的相關內容進行修改，是必須和必要的。《專利法》第三次修改，對於遺傳資源的保護、為公***健康目的進行專利藥品的強制許可等方面體現了與國際條約接軌，規定了有賴於遺傳資源的發明創造應當說明遺傳資源的來源，對於非法獲取或利用遺傳資源並在此基礎上完成的發明創造不授予專利權；增加了藥品和醫療器械實驗例外（Bolar例外）的規定，使公眾在藥品和醫療器械專利權保護期限屆滿之後可以及時獲得價格較為低廉的仿制藥品和醫療器械，對解決公***健康問題具有重要意義。