1)兩者的認可機構不同。
中國馳名商標的行政認定由國家工商行政管理總局商標局或商標評審委員會統壹負責。我國馳名商標的司法認定是由審理案件的法院來認定的，也就是說商標民事糾紛的壹審案件由中級以上人民法院管轄，所有有爭議商標案件管轄權的法院都可以認定。
2)兩者認定後的補救措施不同。
對於馳名商標的行政認定結果是否可以只請求復審或者提起行政訴訟，目前還沒有明確的規定。
對工商部門作出的具體行政行為(如行政處罰決定)或商標評審委員會的決定或裁定不服的，可以提起行政訴訟。
對於馳名商標的司法認定，如果對壹審法院認定馳名商標的結果不滿意，當事人可以向上級法院提起上訴，在二審中重新認定爭議商標馳名的事實。如果對二審結果不滿意，理論上可以通過審判監督程序要求重新鑒定。
3)兩者影響力差異巨大。
通過行政途徑認定的中國馳名商標，經過國家工商總局商標局或商標評審委員會認定，將以國家工商總局名義統壹公告，並進入全國工商網絡系統，因此在全國工商行政管理系統中具有較強的權威性。全國各級工商行政管理部門將按照馳名商標特殊保護要求加強保護，不允許其他公司和個人以馳名商標作為公司名稱註冊。馳名商標是通過法院案件認定的，因為只有通過審理