負責綜合協調機關的日常政務工作；負責文秘、政務信息、督查、文件檔案、安全、保密、史誌、信訪、接待、後勤保障、機要管理和綜合會議組織工作；承擔綜合研究，協調整體研究工作；負責績效考核、政府宣傳和局機關新聞發布；負責處理NPC代表和CPPCC委員的建議。
(2)政策法規科。
負責依法行政，落實行政執法責任制，指導本系統的法制工作；負責相關規範性文件的審查和備案；負責審核市工商局辦理的案件；承辦市局行政復議、行政訴訟應訴和行政賠償工作；組織工商行政執法監督檢查和聽證；組織實施法制宣傳工作。
(3)公平交易司。
制定打擊不正當競爭、懲治商業賄賂和禁止傳銷的具體辦法和措施，並組織實施；開展不正當競爭、商業賄賂、打擊傳銷等專項執法檢查；配合上級部門做好反壟斷行政執法工作；監督管理直銷行為，會同有關部門開展打擊傳銷和“掃黃打非”聯合行動；指導和協調縣(市)區工商行政管理局的行政執法工作。
(4)消費者保護科。
承擔流通領域商品質量的監督管理；負責處理流通領域商品質量重大突發事件和重大案件調查，發布流通領域商品質量抽檢等監督檢查信息並及時通報有關部門和行業協會；按照分工查處制假售假等違法行為；在相關服務領域開展消費維權工作，承擔引導消費者受理和處理咨詢、投訴、舉報，構建12315的維權網絡體系。
(五)登記監督管理部門(個體私營經濟監督管理部門)。
負責指導企業(含外商投資企業)、農民專業合作社、個體工商戶和私營企業的登記註冊和監督管理；協調查處違反登記管理法律法規和非法經濟組織的行為；指導和監督註冊的後續監管工作；組織和指導企業信用分類管理；承擔企業和其他經營單位登記信息的分析和統計工作；指導和組織查處和取締無照經營；負責對個體工商戶和私營企業的服務、監督和管理。
(6)市場監管和合同監督管理科。
承擔規範和維護各類市場經營秩序的工作；組織和指導商品交易市場的信用分類管理；組織流通領域農產品質量監測；指導和監督市場的專項管理工作；根據管轄權限，組織、指導和配合查處各類市場違法行為；依法組織實施合同行政監督管理；推行合同示範文本，開展合同信用建設；組織實施合同格式條款備案，開展合同糾紛行政調解；指導和組織動產抵押物登記，實施拍賣行政監督管理；依據職權查處合同違法行為；監督管理經紀人、經紀機構和經紀活動。
(7)商標廣告監督管理科。
負責指導商標註冊、商標保護和管理工作；負責指導特殊標誌和正式標誌的管理和保護工作；指導馳名商標、知名商標培育和知名商標評價工作；指導和監督商標印刷；指導查處商標侵權和虛假廣告等違法行為；指導和監督商標代理機構、商標評估機構和商標民間組織；指導廣告業發展，頒發廣告經營許可證，組織和監督各種媒體的廣告發布。
(八)網上交易的監督管理。
負責網絡商品交易及相關服務行為的監督管理；組織和指導網絡商品交易及相關服務行為案件的查處；負責組織實施網上商品檢驗、在線檢查、專項整治等工作；負責起草並組織實施網絡商品質量抽檢計劃；承擔轄區內網絡交易電子數據取證工作。
(九)信用信息監督管理部門(行政審批部門)。
負責制定並組織實施信用信息系統建設的制度、措施、方法和標準；承擔征信系統數據的報送和上報工作；負責企業、個體工商戶和農民專業合作社的信息公示和抽查；指導市工商行政管理局的數據管理工作；負責工商行政管理中行政審批事項的受理和審批，承辦市政府公布的相關行政審批事項；負責股權質押登記。
(10)計劃財務部。
負責制定發展規劃、基本建設和設備計劃並組織實施，組織實施金融監督管理的規章、制度、措施和辦法；編制年度預算(決算)，統籌安排和管理各類資金和經費；負責國有資產、行政事業性收費、罰沒收入和罰沒物資的監督管理；負責專項資金的分配和使用，承擔局機關財政資金的會計核算、財務管理和績效考核；負責內部審計和政府采購。
(11)人事科。
負責機構設置、人事管理、勞動工資、教育培訓；組織開展相關對外業務交流與合作；制定並組織實施幹部培訓規劃和計劃；做好因公出國人員的政治審批；負責離退休人員工作。
市工商局經濟檢查支隊。負責依法查處各類經濟違法行為。
市工商行政管理局高新分局。按照國家、省、市有關綿陽高新技術產業開發區的規定，負責工商行政管理工作。有普明工商所、永興工商所、莫家工商所。
市工商行政管理局科技園區分局。按照綿陽科技城科教創業園省市邊界，負責轄區工商行政管理和海賢區工商行政管理。有園藝工商所、科苑工商所和海賢工商所。
市工商行政管理局經濟發展分局。按照國家、省、市有關綿陽經濟技術開發區的規定，負責轄區內的工商行政管理。有唐荀工商所和松雅工商所。
機關黨委。負責機關和直屬單位的黨群工作。機關黨委辦公室具體負責機關黨委的日常工作。