根據上述職責，市工商行政管理局設10個內設機構：
（壹）辦公室
綜合協調局機關日常政務，負責機關文電、文秘、會務、機要、檔案、信息綜合、保密、保衛、信訪、督查、政務公開、電子政務、計劃生育、接待、後勤管理等工作；組織開展綜合調研和建議提案辦理；負責市場主體發展信息統計、綜合分析等工作；承擔機關外事、重要活動和應急管理的組織協調。
（二）法規科
組織、指導全市工商行政管理法律、法規、政策宣傳教育和工商行政執法監督；承擔有關行政復議和行政應訴工作；承擔本級行政處罰案件的核審和行政處罰的聽證組織；組織擬訂並指導實施全市工商行政管理地方政策；承擔局機關有關規範性文件的合法性審核和管理工作；承擔本局起草的市政府規範性文件、地方政府規章、地方性法規管理及本局規範性文件備案有關工作。
（三）消費者權益保護科(“12315”申訴舉報辦公室)
擬訂、組織實施全市保護消費者權益的具體措施、辦法；承擔流通領域商品質量監督管理，開展服務領域消費維權，按照分工查處假冒偽劣等侵害消費者權益的違法行為；指導消費者咨詢、申訴、舉報受理、處理和網絡體系建設工作，調解消費爭議；組織宣傳消費者權益保護的相關法律法規和規章制度，保護消費者合法權益；承擔重大突發性損害消費者合法權益的應急處理、協調調度。
（四）市場規範管理科（合同監督管理科）
擬訂、組織實施全市規範市場秩序的具體措施、辦法，承辦規範維護各類市場經營秩序工作；組織實施合同行政監督管理，查處合同欺詐等違法行為；組織、指導商品交易市場信用分類管理工作；承擔動產抵押物登記管理和經紀人、拍賣行為監督管理工作；承擔規範市場秩序法律法規的宣傳教育；組織、指導市場專項治理工作。
（五）企業監督管理科
擬訂、組織實施全市企業（含外商投資企業）監督管理具體措施、辦法，組織、指導企業登記註冊行為的監督檢查；組織、指導企業信用分類管理，依法開展企業信息公示工作，承擔全國企業信用信息公示系統（郴州）信息收集和管理；對企業監督管理信息和公示信息進行研究分析，推動建立企業經營異常名錄管理和嚴重違法企業名單管理制度；負責在市局登記註冊的企業的監督管理；組織企業監管方面的法律、法規宣傳教育；承擔與其他政府部門企業監督管理信息和公示信息交換***享的協調聯系工作。
（六）網絡交易監督管理科
擬訂、組織實施全市規範網絡商品交易及有關服務行為的具體措施、辦法；指導建立網絡商品交易及有關服務信用檔案，負責對網絡商品經營者、有關服務經營者和第三方交易平臺以及網絡商品交易、有關服務行為的監督管理；組織網絡交易監管方面的法律、法規宣傳教育；承擔網絡交易監督管理中跨地域糾紛的協調工作。
（七）個體經濟監督管理科
調查研究個體工商戶、農民專業合作社發展與管理情況，擬訂並組織實施全市有關監督管理的具體措施、辦法；指導個體工商戶、農民專業合作社的登記註冊和監督管理工作；組織、指導個體工商戶信用分類管理和信息公示工作；組織、指導查處取締無照經營。
（八）商標廣告監督管理科
擬定、組織實施全市廣告業發展規劃及商標廣告監督管理的具體措施、辦法；指導企業和個人的商標註冊工作，組織、指導註冊商標的管理工作，依法保護商標專用權和查處商標侵權行為；監督管理商標代理和商標評估機構的工作；負責馳名商標、著名商標申報工作的推薦與指導，加強馳名商標的保護工作；負責特殊標誌、地理標誌專用權的保護；組織、指導廣告活動監督管理；組織監測各類媒介廣告發布情況，依法查處虛假廣告等違法行為；負責對廣告經營單位經營資格的檢查及戶外廣告內容的審查。
（九）計劃財務科
制訂並組織實施全市工商行政管理部門發展規劃；承擔機關財務、財產、部門票據管理和內部審計及年度預決算、基本建設、裝備配置等工作；承擔非稅收入管理工作；指導、監督所屬單位財務、財產管理工作。
（十）人事科
負責局機關和所屬單位機構編制、幹部、人事、教育培訓、出國（境）人員審核等工作；承擔局機關和直屬單位的離退休管理服務工作，指導各分局及其所屬單位離退休管理服務工作。
機關黨組織按章程設置，負責局機關和所屬單位的黨群工作。
紀檢（監察）機構按有關規定設置。