南康屬亞熱帶季風濕潤氣候，年平均氣溫19.3℃，冬季無嚴寒，夏季無酷暑，雨量充沛。12年月平均氣溫8.8℃，7月平均氣溫28.6℃，無霜期約286天，年平均降雨量1443.2毫米，年平均日照時數1856.6小時。
南康境內的山脈屬於南嶺山系的羅曉山脈和大峪嶺山脈的支脈，從六處延伸形成六個區域山系，主要山脈有12條:
鈀嶺——鬥笠腦的主要山脈
寺後白水洞-巖坑的主要山脈。
鈀嶺——紅嶺的主要山脈
蓮花塢-佛嶴山脈
屏障背——蘇方仙嶺的主要山脈
障背——陳芳嶺的主要山脈
爛壩主山脈——瑞坑北
雲山——三江小邊嶺的主要山脈
馬孜海角——羅邊嶺的主要山脈
馬孜嶴南岬——半邊界中的主要山脈。
蝸牛山——城防的主要山脈
社北——騎溪口東岸的騎嶺下主峰
有兩座1000米以上的山峰，分別是龍牧和遂川交界處的白鶴嶺(海拔1042米)和鬥笠腦(海拔1029.8米)。
南康區共有河流60條，其中幹流2條，壹級支流10條，二級支流19條，三級支流18條，四級支流7條，五級支流4條。北部龍母水、黃沙水屬遂川水系，西南部梅園水屬新豐水系，其余河流屬張江水系。除張江、上猶河、龍華河、朱芳和顏夕河屬於過境河流外，其余均發源於境內南北山區。張江在中國名為榕江，全長58公裏，流域面積859平方公裏，落差43米。有膠西河、幹橋河、龍回河、南水河等11支流。上遊河在中國境內長34公裏，流域面積911平方公裏，落差16米。主要有五條支流:顏夕河、沙溪河、龍華河、穆林河和橋頭河。龍母水屬遂川水系，發源於小東，流經張村、曲灘、瑞坑，出流入遂川金石河，長13.5公裏，流域面積43.8平方公裏。梅園水位於中國西南部的浮石鄉。