商標申請國際註冊，指定保護的國家是協定成員國的，在申請國際註冊前，該商標必須是註冊商標或者經過初步審定的商標。當被指定保護的國家是議定書的成員國時，該商標或者是商標局接受的註冊申請，或者是註冊商標。
2.不同的工作語言
協議中提到的工作語言只有法語；禮賓的工作語言可以是法語或英語。
3、支付方式不同
如果申請國際註冊的商標的指定保護國是該協定的成員國，則申請只能按照馬德裏辦事處規定的統壹費用繳納；如果商標指定保護的國家是壹個純粹的“議定書”成員國，申請應按馬德裏協定規定繳納統壹費用，並按各國規定繳納單獨費用。
4.拒絕期不同。
該協定成員國的審查期為十二個月，也就是說，申請人自國際註冊商標在國際局註冊之日起十二個月左右未收到駁回通知，該商標壹般在指定國受到保護，而該協定成員國的審查期可以是十二個月，也可以是十八個月。
5.國家基礎註冊和國際商標註冊的關系是不同的。
在協定成員國指定保護的國際註冊商標，無論國際註冊是否已經轉讓，如果該商標的國內註冊自國際註冊之日起五年內全部或部分撤銷或註銷，即國際註冊同時撤銷，則在指定國不受保護；議定書成員國指定保護的國際註冊商標，自國際註冊之日起五年內全部或者部分撤銷或者註銷的，商標所有人可以自商標撤銷之日起三個月內向議定書指定成員國的商標主管機關提出申請，並按各成員國的規定繳納壹定費用，則該商標的國際註冊可以轉為國家註冊。
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