動畫中每個案件的順序與原漫畫有較大不同，增加、刪減、改動了部分情節，增加了原創動畫故事(參考下面的動畫目錄)。
動畫中壹些角色的出場時間也發生了變化。比如少年偵探隊的成員出現在動畫1集，鈴木園子的出場時間也提前了。但這也造成了矛盾:在1集，廣彥等人認識了新壹，但在192集，他們卻說不認識新壹。
動畫前期每壹集的片頭幾乎都是“××事件”的形式，從140集開始就很少使用這個片頭了。
動畫壹開始，因為“低齡化”的定位，制作組屏蔽了動畫中帶有黑社會性質的黑組織，修改了第五集《新幹線大爆炸》和第13集《為家人奇怪的謀殺》中的相關情節，但以下情節無法自圓其說:動畫片《新幹線事件》中出現了杜松子酒和伏特加，柯南通過竊聽得知了它們的代號。[3]但在動畫的第五集，改成了兩個與組織無關的人——於是“知道他們的代號”就成了“霧狗傳說殺人事件”第52集的片頭標題。柯南在獨白中提到，他已經知道了他們的代號，但具體方式不得而知。漫畫《尋親》中的宮野明美，別名“廣田亞米”，最終被杜松子酒和伏特加所揭穿，並被他們暗殺。[4]動畫第13集刺客改成了田沖，“廣田亞米”的結局也被警方逮捕——因為與海原愛出道相關的明美之死的故事無法與下文銜接，所以動畫制作組在海原愛出場前制作了第128集《黑組織搶劫10億元》，虛構了明美之死的情節，但還是造成了情節漏洞，即而且因為明美之死在動畫中被改編，所以漫畫中出現蘆原的情節也有所延遲(明美出現在漫畫第二卷，灰色原理出現在漫畫第18卷)，作者青山剛昌創造了服部平次這個角色來代替無法出現的蘆原成為柯南的對手。【5】考慮到劇情關聯性的因素，動畫中後期黑組織的劇情不再是禁忌。
動畫《綁架現場的特定事件》第86集和113集《白沙灘上的殺人事件》改編自名偵探柯南的特別漫畫(參見詞條《名偵探柯南的特別漫畫》)，而非原著漫畫。
動畫第219集《名偵探！工藤新壹vs黑場海東的第壹個故事《鐘樓對決》，改編自《魔鬥》[6]第4卷《暗星》，而非《名偵探柯南》，這也是柯南動畫集錦中唯壹改編自其他漫畫作品的故事。這導致了動畫中對黑玉快豆(二代黑藤黑羽的真實身份)等人日常生活的正面描述。事實上，柯南從未描述過二代黑羽快鬥的真實身份，只指出壹代黑羽快鬥是黑羽盜壹[7]。
漫畫Vol.57 File.8《逃亡者》並沒有被改編成正式的電視版，只是和OP 23中的故事相似，後來被改編成M 18發行紀念特輯《逃亡者毛利小五郎》(NOTTV手機電視播出)和2015新年特輯《毛利小五郎新年快樂》。
因為版權問題，漫畫《吹口哨人連環殺人案》中犯人扮演的披頭士“隨它去吧”的名字完全隱藏在動畫533~535的臺詞中。同樣，“奧斯卡獎”也改成了“尤斯卡獎”，iPhone的商標也換了。
動畫第585集出現了“第二學期”這個詞，表示柯南已經升到高壹第二學期了(註意不是高二，日本學校壹年三個學期)。到目前為止，漫畫中還沒有類似的情節和敘述。
考慮到動畫的電視播出時間安排在中午(北京時間14:00-19:00之間)，這段時間主體有未成年人在看電視，動畫中死者的血液由紅色變為黑色。動畫的中後期，死者的眼睛在原著中是由睜著變成閉著的，沒有死者臉部的特寫。在此之前，有壹個尖叫的警告，“屍體”壹詞被壹個更中性的詞“遺體”所取代。(這種現象前期在壹些片場出現過，後期比較常見。同時《金田少年編年史》開始限制對身體的描寫)
動畫中還修改了壹些對“裸裙”的不當描述，“情色男”改名為“漂浮男”。在第230集，暗示金和貝爾摩有肉體關系的曖昧對話也被刪掉了。
在第622集動畫《緊急252(第壹部)》中，考慮到“3.11”地震災害中人們的心情問題，動畫制作團隊也刪除了原著中關於地震的描述。