（壹）商業秘密保護與專利保護相比之下的優勢
（1）商業秘密保護的保護期限沒有限制。
根據《反不正當競爭法》、《河南省高級人民法院關於審理商業秘密案件有關問題的意見》等相關法律法規，只要該商業秘密符合法定的條件，並且義務人知道或應該知道該商業秘密的，則就應當履行保密義務，直至該商業秘密被公開。簡而言之，保密義務的期限與商業秘密存續的期限相同，即商業秘密未被公開的期間內，義務人就應當履行保密義務。只要商業秘密權利人采取的保護措施足以使商業秘密不被泄露，就可以無期限地獲得商業秘密帶來的經濟利益。
而專利保護由於法律明確規定了保護期限。法定保護期限屆滿，專利權就終止，即該專利技術成為社會***有的資源，任何人都可以無償使用。專利權人不再享有獨占權，不能禁止其他單位和個人在未經其同意的情況下無償使用該專利技術。
（2）獲得保護的程序簡單，花費的時間較少。
壹項技術信息或者經營信息，只要經企業采取保密措施，如:訂立保密協議，建立企業保密制度，進行員工保密教育等，就可以得到法律保護，而沒紛繁復雜的申請和技術公開等程序。
相對而言，獲得專利保護的程序就繁雜多了。專利申請人需要依照相關專利法的規定，充分準備申請材料，到國務院專利行政部門申請登記，經過初步審查和公布等程序後，確定符合我國法律規定的授予專利權的條件的，才發給相應的專利證書，同時予以登記和公告。我國《專利法》（2008年修正）第二十六條、第二十七條、以及第三十四條至第四十條對專利申請的相關事宜作了具體規定。
（3）不需要繳納申請費、年費等費用，對於價值比較小的商業秘密來說，成本比較低。
與專利權人是依靠法律的直接規定取得排他性的使用權利不同，商業秘密權利人主要是通過自身采取的保護措施對其所有的商業秘密進行保護，保密的成本多采取保密措施、建立保密規章制度、對員工進行保密教育，簽訂保密協議等費用支出。但商業秘密的保密支出具有靈活的特點，權利人可以根據商業秘密價值的大小，靈活地決定保密成本的多少。
根據《中華人民***和國專利法》（2008年修正）第四十三條、第四十四條的規定，專利權人應當自被授予專利權的當年開始繳納年費。不按規定繳納年費的，專利權在期限屆滿前終止。因此，不論專利價值的大小，專利保護都要求專利權人必須依法繳納申請費和年費等費用，否則將承擔不利的法律後果。對於那些本身的價值不足以彌補保護的成本支出的技術來說，專利保護的成本過高。
（4）商業秘密的保護對象的範圍比專利的保護範圍廣。
根據《反不正當競爭法》，商業秘密的保護對象主要包括技術信息和經營信息。國家工商行政管理局《關於禁止侵犯商業秘密行為的若幹規定（修正）》、北京市高級人民法院《關於審理反不正當競爭案件幾個問題的解答（試行）》（京高法發[1998]73號）、國家科委《關於加強科技人員流動中技術秘密管理的若幹意見》在《反不正當競爭法》的基礎上，具體分析了技術信息和經營信息的內容。技術信息不僅包括有關設計、程序、產品配方、制作工藝、制作方法等完整的技術方案，還包括開發過程中的階段性技術成果、取得的有價值的技術數據，以及針對技術問題的技術訣竅。經營信息主要包括：經營策略、管理訣竅、客戶名單、貨源情報、產銷策略、招投標中的標底及標書內容等信息。
而專利保護的對象僅為技術信息，不包括經營信息。根據《中華人民***和國專利法》（2008年修正）第二條的規定，專利保護的對象包括但不限於產品、方法或者其改進所提出的新的技術方案等技術信息。
（5）采取商業秘密方式保護，不需要公開商業秘密。
法律要求商業秘密的構成要件是處於“不為公眾所知悉”的秘密狀態，這種狀態能給權利人帶來經濟利益和競爭優勢。采取商業秘密方式保護的權利人無需向任何人公開該商業秘密的內容。正因為不需要公開商業秘密，避免了他人在參考原有商業秘密的基礎上，創造出更具有競爭性的商業秘密，從而影響原商業秘密的優勢競爭地位。
而申請專利則需要公開技術。根據《中華人民***和國專利法》（2008年修正）第三十四條、第四十條的規定，申請專利的發明、實用新型和外觀設計必須依法在申請被批準前或批準後對外公開。換句話說，獲得專利保護是以公開專利技術內容為代價的。技術內容壹旦公開，就不能禁止他人在合法的前提下參考已公開的技術信息，研發出作用相同或更有價值的技術，對專利權人的經濟利益和競爭地位造成潛在的威脅。
（6）商業秘密的構成要件標準比較低。
從我國相關法律規定來看，商業秘密的構成要件有三，包括不為公眾所知悉；能給權利人帶來經濟利益，具有實用性和經權利人采取了保護措施。與專利相比，對商業秘密的新穎性和創造性要求都比較低。“不為公眾所知悉”僅僅要求商業秘密不為與權利人同行的領域的人所普遍知悉。而關於采取的保密措施，我國法律設置的標準為“合理”，即只要權利人使他人知道或應當知道該商業秘密的存在，即可判定其采取的保密措施是合理的。
而《中華人民***和國專利法》（2008年修正）第二十二條、第二十三條對授予專利的技術作出了嚴格的要求，要求授予專利權的發明和實用新型，應當具備新穎性、創造性和實用性。新穎性，是指該發明或者實用新型不屬於現有技術；也沒有任何單位或者個人就同樣的發明或者實用新型在申請日以前向國務院專利行政部門提出過申請，並記載在申請日以後公布的專利申請文件或者公告的專利文件中。創造性，是指與現有技術相比，該發明具有突出的實質性特點和顯著的進步，該實用新型具有實質性特點和進步。實用性，是指該發明或者實用新型能夠制造或者使用，並且能夠產生積極效果。
授予專利權的外觀設計，應當不屬於現有設計，應與現有設計或者現有設計特征的組合相比具有明顯區別；也沒有任何單位或者個人就同樣的外觀設計在申請日以前向國務院專利行政部門提出過申請，並記載在申請日以後公告的專利文件中。法律對申請專利的新穎性、創造性和實用性水平要求比較高，很多技術信息因達不到要求而申請專利失敗，給技術信息擁有者造成巨大的損失。
（7）商業秘密保護沒有地域限制。
商業秘密主要是依靠權利人采取保密措施來保護，該類保護是沒有地域限制的，在國內國外都具有有效性。比如可口可樂的配方被作為商業秘密保護起來，在世界範圍內都是商業秘密，他人無法窺探。專利保護則不同。獲得專利保護的前提是依法向專利行政管理部門申請。被授予的專利權僅僅在該專利依據的法律的空間效力範圍內有效。若想在其他國家或地區對同壹技術享有專利權，必須依據其他國家或地區的法律，經過法定程序申請，審查合格後被批準授予專利權。
（二）商業秘密保護與專利保護相比之下的劣勢
（1）我國沒有關於商業秘密保護的專門立法。
目前，我國有關商業秘密的保護的法律規定都散見於壹些法律法規、司法解釋和部門規章中，立法機關至今還未制定壹部專門規範和保護商業秘密的法律。隨著社會和經濟的科技化發展，商業秘密發揮了越來越重要的作用，對於有些企業，商業秘密是其生存的資本和發展的動力，因而越來越受重視。
同時，侵犯商業秘密的情形也日益嚴峻，制定壹部專門規範和保護商業秘密的法律是迫切且有必要的。而對於專利保護，我國已有比較完善的專門立法，主要有《中華人民***和國專利法》《中華人民***和國專利法實施細則》，其他還有壹些行政法規，地方法規和司法解釋也對專利作出了比較詳盡的補充規定。
（2）商業秘密保護具有相對性。
商業秘密權是相對權利,其禁止效力僅限於侵犯商業秘密的行為,而不及於他人合法獲取商業秘密的行為。因此，權利人無權禁止他人通過獨立研發、反向工程等合法手段取得相同的商業秘密。專利保護則不然，專利申請人壹旦經國務院專利行政部門依法審查合格後被授予專利權，便對該專利享有獨占權，有權排除在後的任何單位和個人對相同或近似的專利再去申請專利，而不管其是否通過合法的方式獲得的。
（3）權利喪失的可能性大。
商業秘密壹旦公開，就會導致《反不正當競爭法》規定的“商業秘密因公開而消滅”的法律後果，商業秘密權也自然而然隨之消滅。
根據我國相關法律規定，商業秘密公開主要包括權利人的公開和第三人的公開。其中第三人的公開又包括：因第三人的侵權行為而公開和第三人通過獨立開發、反向工程等合法手段獲得商業秘密後公開。而權利人的公開手段更加繁雜多樣化。
例如，在《江蘇省高級人民法院關於審理商業秘密案件有關問題的意見》（蘇高法審委[2004]第3號）中也提到，權利人有可能因為采取的保密措施明顯不當而導致商業秘密公開；第三人可能通過侵權行為或獨立開發、反向工程等合法手段獲得商業秘密後公開導致商業秘密公開。不難發現，商業秘密極易因為壹些有意或無意的行為而被迫公開。總之，商業秘密被公開的途徑越多，商業秘密權利喪失的可能性就越大。
而專利權是專利行政管理機關依法賦予給專利權人的權利，除非壹些特殊情況的出現，在專利保護的期限屆滿前，專利權人壹般都不會喪失其專利權。
根據我國《專利法》，喪失專利權的特殊情況主要包括以下四種：不按規定繳納年費導致專利權提前終止；自願發表放棄聲明導致專利權提前終止的；因違法原因宣告專利權無效的；以及專利權保護期限屆滿。從以上論述來看，商業秘密權利人比專利權人喪失權利的可能性要大壹些。
（4）在知識產權糾紛案件中，侵犯商業秘密案件中的權利人舉證比較困難。
由於商業秘密權利的取得方式為原始取得，不需要經過法律的認可、政府部門並不頒發“商業秘密證”，在發生商業秘密侵權案件後，商業秘密權利人不僅要提供證據證明對方當事人使用的信息與其商業秘密相同或者實質相同、對方當事人采取了不正當手段的事實，並且具有獲取商業秘密的條件，還應證明該商業秘密符合法律規定的條件，且為其合法所有。
如果無法證明其起訴侵犯的技術信息或經營信息符合商業秘密的構成要件，則將敗訴。專利侵權案件則不同，專利權權人只需證明對方當事人實施了不正當行為侵犯了其專利權，而不需要再提供證據證明其專利符合法律規定的專利條件。