自然保護區開展生態旅遊的不利影響：①生態旅遊加大了保護區管理難度。自然保護區生態旅遊壹方面可為保護區創造了經濟效益，另壹方面伴隨生態旅遊開發而帶來的環境汙染、壹些遊人的不文明活動及行為、外來文化的沖擊、以及開發的盲目性等都會對其資源造成幹擾和破壞，對保護區的正常管理帶來影響，加大管理難度。如何提供健康、安全、舒適的旅遊產品成為自然保護區亟待解決而必須盡快解決的問題。②旅遊對野生動植物構成潛在威脅。自然保護區開展旅遊，由於遊客素質良莠不齊及管理力量的限制，對野生動植物棲息生存造成了潛在的威脅，如攀爬樹枝、踐踏植被、采花摘果、撿鳥蛋、野外用火、驚擾轟趕動物等現象時有發生。另外，遊客的進入，也增加了某些人畜***有的疾病傳播機率。
在自然保護區的生態旅遊開發與管理對策
自然保護區目前己具備開發生態旅遊的社會條件。壹是自然保護區管理機構建設得到逐步加強，二是自然保護區建設已逐步走向法制化、規範化的軌道，三是國民經濟發展迅速，人民生活水平得到改善，整體素質不斷提高。因此，生態旅遊的開發與管理顯得尤為重要。根據我國自然保護區的現狀和特點，結合在開展生態旅遊過程中存在的問題，對生態旅遊的開發和管理提出如下對策和措施：
(1) 堅持可持續發展的指導思想人們在開發利用保護區旅遊自然資源過程中，應樹立可持續發展思想，充分考證它對其它資源、其它要素及整個旅遊環境的影響，兼顧國內和國際公平原則，對當代人負起同樣的道德義務，為他們能夠享受旅遊樂趣留下充分余地。在保護的前提下合理地利用，並在利用時盡可能加以保護，以保證旅遊業的可持續發展。
(2) 合理布局，科學規劃，重點開發。我國有960萬km2的陸地國土面積，南北跨越近50個緯度，東西超過60個經度，具有復雜的多樣性氣候類型，擁用十分豐富的物種資源，構成了我國自然保護區的資源優勢和特色。但是，我國建立的近2 000個自然保護區中，空間地域分布差異很大，區位特征、保護對象以及資源品位都有所不同。
(3) 完善法律法規，加大執法和監督力度。自然保護區生態旅遊的開發與建設，應該納入法制化軌道。雖然《自然保護區條例》和《森林和野生動物類型自然保護區管理辦法》等有關法規對自然保護區開展生態旅遊做出了相應規定，但在自然保護區生態旅遊開發的原則、條件、程序、步驟以及限制措施等方面還不夠詳盡，仍然需要加以完善。
(4) 建立科學的生態旅遊管理機制。自然保護區生態旅遊能否做到集自然、保護、科教、創收於壹體，實現生態、社會、經濟三大效益的統壹，關鍵取決於管理水平的高低。因此，完善保護區生態旅遊管理機制，構建科學合理的管理模式是極為重要的。生態旅遊的管理是壹項綜合性與專業性相結合的，發展與保護相結合的，同時體現經濟效益、生態效益和社會效益的新概念的管理。這樣的管理既能給人們提供“回歸自然、返樸歸真”的真切感受，又能保障生態的完整和環境的質量，是實現人與自然協調發展和生態經濟可持續發展的可靠保證。