不同的標準
就有機食品而言，不同的國家和認證機構有不同的標準。在中國，國家環保總局有機食品發展中心制定了有機產品的認證標準。5438年6月+2000年2月，美國頒布了新的有機食品國家統壹標準，日本於2006年4月頒布了有機食品法(JAS法)。歐洲國家采用了歐盟統壹標準ESS No.2092/91及其修訂方案，以及1804/99有機農業法規。
中國綠色食品標準是中國綠色食品中心指定的統壹標準，分為A級和AA級。A級標準是參照發達國家的食品衛生標準和國際食品法典委員會(CAC)的標準制定的，而AA級標準是根據IFOAM有機食品的基本原則，參照相關國家有機食品認證機構的標準，結合我國實際情況制定的。
我國的無公害食品是指生產環境、生產過程和最終產品符合無公害食品的標準和規範。在這類產品中，允許使用合成化學農藥、獸藥、魚藥、化肥、飼料添加劑等。數量、品種、時間有限。
不同的標誌
有機食品標簽在不同的國家和不同的認證機構是不同的。在中國，國家環保總局有機食品發展中心在國家工商總局註冊了有機食品標誌，中國農業科學院茶葉研究所也制定了有機茶標誌。國際有機農業運動聯合會(IFOAM)2001的成員擁有380多個有機食品標簽。
綠色食品的標誌在中國是統壹的、唯壹的。是由中國綠色食品發展中心制定並在國家工商總局註冊的質量見證商標。中國綠色食品的標誌由三部分組成，即上面的太陽，下面的葉子，中間的芽，代表保護。
由於認證機構不同，中國的無公害食品標誌也不壹樣。山西、湖南、黑龍江、天津、廣東、江蘇、湖北等省市相繼制定了自己的無公害農產品標誌，其中湖北省綠色食品管理辦公室擁有的無公害食品標誌已在國家工商總局註冊。
(3)不同的層次
有機食品沒有分類。有機食品在生產過程中，不允許產生任何合成化學物質，需要三年的過渡期。過渡時期生產的產品是“轉型期”產品。
綠色食品有兩個等級:A級和AA級。A級綠色食品產地環境質量要求評價項目綜合汙染指數不得超過1。在生產加工過程中，允許在限定的數量、品種和時間內使用安全的合成農藥、獸藥、魚藥、肥料、飼料和食品添加劑。AA級綠色食品產地環境質量要求評價項目單項汙染指數不得超過1，生產過程中不得使用任何合成化學品，產品需要3年過渡期。
無公害食品不分類，生產過程中允許使用限定品種、數量和時間的安全合成化學品。
不同的認證機構
有機產品的認證由CNCA認可的認證機構進行，包括呂中華夏、南京郭桓、吳越華夏、杭州萬泰等26家機構。此外，還有壹些國外有機食品認證機構在中國開展有機食品認證，如德國的BCS。
中國綠色食品的唯壹認證機構是中國綠色食品發展中心，負責中國綠色食品的統壹認證和最終審批。
(5)不同的認證方式。
在中國，有機食品和AA級綠色食品的認證采用檢查員制度。認證方式以現場檢查認證為主，檢測認證為輔。有機食品的認證重點是農業經營的真實記錄和生產資料的購買和使用記錄。A級綠色食品和無公害食品的認證是以檢驗和認證並重為原則，同時強調從土地到餐桌的全過程控制。在環境技術條件評價方法上，采取調查評價與檢測認證相結合的方式。
無公害食品是國家農業行政主管部門2001為解決當前農產品汙染和食品質量安全問題而提出的新概念。是指原產地環境、生產過程和最終產品質量符合無公害農產品標準，並標有無公害農產品標誌的農產品。
無公害食品是將有毒有害物質控制在壹定範圍內，主要強調安全性，這是最基本的市場準入標準，以大眾消費為主，而綠色食品和有機食品強調安全循環和優質營養，有特定的消費群體(經濟收入豐富的消費群體)。