首先，只有獲得中國綠色食品發展中心的許可，企業才能在其產品上使用綠色食品商標。
二是綠色食品商標的限制。綠色食品商標註冊只有四種商標形式受法律保護，只能在九類註冊商品上使用(六類標誌圖形)。
第三，綠色食品商標的地域性。只有在註冊的國家和地區(如中國大陸、日本、中國和香港)才受到保護。第四，綠色食品商標的時效性。有效期為10年，到期需申請續展註冊。第五，綠色食品商標的註冊人“中國綠色食品發展中心”，只有商標的許可權和轉讓權，沒有商標使用權。