負責文電、會議、機要、檔案、接待等機關的日常運行；承擔綜合研究和統計工作；承擔政務信息、督查、值班和保密工作；負責機關的財務工作；負責本系統的應急管理、信訪和穩定工作。
組織人事部
承辦局機關及下屬單位幹部人事、機構編制和隊伍建設工作；負責本系統的對外合作與交流，承辦外事活動；指導市工商幹部學校的工作。
宣傳教育司
制定本系統幹部政治理論和思想政治教育工作計劃並組織實施；承擔先進典型的宣傳報道工作；負責紅盾文化建設，組織開展具有工商特色的宣傳工作。
監管辦公室
起草工商行政管理方面的地方性法規；負責局機關及相關單位發布的規範性文件的審核和會簽；組織工商行政執法監督，承辦或參與行政復議、行政訴訟和行政賠償；承辦本局提起的行政處罰案件的審查和審理；負責本系統的法制建設。
金融設備辦公室
制定本系統的財務、國有資產和審計管理制度及財務收支預算並組織實施；承擔本系統的財務工作和資金安排；負責本系統的設備管理和國有資產管理；負責組織內部審計和業務指導，監督檢查國家有關財經紀律和財經法規的執行情況。
微型企業發展監督管理辦公室
制定微型企業發展監督管理政策和工作計劃，協調市級部門做好微型企業發展監督管理工作，指導督促區縣工商局微型企業發展監督管理工作，指導微型企業創業者培訓，為微型企業提供信息、咨詢等後續指導服務。
企業登記管理辦公室(個體私營經濟監督管理辦公室)
制定內資企業、農民專業合作社和個體工商戶登記管理的具體措施和辦法，組織指導其登記和監督管理；指導規定範圍內的企業登記註冊，並對其登記註冊行為進行監督檢查；組織查處，取締無照經營；調查研究個體私營經濟的發展和管理；核準註冊單位的名稱。
外商投資企業登記管理辦公室
制定外商投資企業登記管理的規章、制度、辦法和措施並組織實施；參與起草外商投資企業管理的地方性法規；負責授權範圍內外商投資企業的登記註冊和監督管理。
市場監管和消費者權益保護司
擬訂市場監管和消費者權益保護的規範性文件、規章制度和具體措施並組織實施；承擔規範各類市場經營秩序，組織市場日常檢查和專項整治工作，監督市場經營行為；指導服務領域消費維權工作；組織實施流通領域商品質量監督管理和質量監測。
食品流通監督管理辦公室
制定流通領域食品安全監督管理的規章制度和具體措施；組織實施流通領域食品安全監督檢查、質量監測和相關市場準入制度；承擔流通領域重大食品安全突發事件的處置工作；指導全市食品流通許可證的審查、發放、監督檢查以及流通領域食品安全相關工作。
廣告監督管理辦公室
制定廣告管理的規章制度和措施並組織實施；負責指導全市廣告業的發展；負責廣告業務審批和廣告登記；監督管理各類廣告活動；負責廣告審查員的培訓、認證和管理；指導廣告審查機構的工作。
商標監督管理部門
制定商標管理的規章制度和措施；負責商標印制的審批和監督管理；負責知名商標的認定和保護以及知名商標的推薦和保護；指導商標監督管理工作；負責特殊標誌和官方標誌的保護；指導和規範商標代理組織。
合同監督管理辦公室
制定合同監督管理的規章制度；組織實施合同行政監督，負責合同格式條款的監督；組織、管理和實施動產抵押登記，組織和監督拍賣活動；合同糾紛的調解。
中介監督管理辦公室
制定市場中介機構監督管理的規章制度並組織實施；引導市場中介組織規範發展，收集、分析、整理和發布全市中介行業發展和中介組織運行信息；依法監管市場中介組織的業務活動和經紀活動，引導市場中介組織建立信用機制。
企業信用體系建設管理處(企業信用體系建設協調小組辦公室)
制定企業信用管理規章制度並組織實施；負責企業信用聯合征信系統建設，組織成員單位采集、整合和共享企業信用信息；負責“重慶市企業信用網”和“重慶市企業信用信息中心”的指導和管理；指導區縣(自治縣)開展企業信用體系建設；組織開展企業信用宣傳和培訓，指導企業信用自律管理；開展信用體系建設研究交流。
電子商務監督管理辦公室
制定規範電子商務和網絡商品交易的規章制度並組織實施；負責對經營性網站和網絡經營者的接入註冊和網上交易行為進行監督管理；負責電子商務監管中跨區域糾紛的協調。
黨委
負責局機關和直屬單位的黨群工作。
退休人員辦公室
負責局機關和直屬單位退休人員管理工作，指導本系統退休人員工作。