亞美尼亞與阿塞拜疆關系之所以會水火不容，是因為納格爾諾-卡拉巴赫（簡稱納卡）的問題。阿塞拜疆認為納卡是屬於阿塞拜疆的，這個也是得到了大多數國家的承認的，但是，納卡主要人口的地方居住的卻是亞美尼亞人。所以，亞美尼亞也認為納卡是屬於亞美尼亞。因此納卡成為了兩國糾紛的矛盾。
阿塞拜疆壹直想同化納卡的亞美尼亞人，但是遭到了納卡亞美尼亞人，以及亞美尼亞的強烈反抗。亞美尼亞甚至在八十年代末，正式對外宣布納卡是屬於亞美尼亞，但同樣遭到阿塞拜疆的強烈反抗。於是兩國爆發了著名的納卡沖突。1994年，兩國就納卡問題進行過調解，但還是沒有談攏，直到現在也沒有得到解決。
關於納卡的問題，阿塞拜疆得到的支持比較多些。原因是，第壹個阿塞拜疆的飛地納希切萬，納希切萬的最北端很靠近亞美尼亞的首都，才距離50公裏，亞美尼亞的疆域是屬於北邊寬南邊窄，所以希切萬正好頂在亞美尼亞南邊連接伊朗的狹長通道西側。第二是因為亞美尼亞的信仰是基督教，和周邊壹些國家的信仰差異很大，所以周圍的國家大多數都是支持阿塞拜疆的。
亞美尼亞是壹個面積很小的內陸國，只有2.98萬平方公裏，而已有90%的面積在海拔壹千米以上，可以說地緣比較“惡劣”。和周邊的國家因為信仰不同的問題，交流不密切，雖然說和俄羅斯的關系比較不錯，但是和俄羅斯之間隔了壹個格魯吉亞，所謂遠水救不了近火，能或得的支持也比較少，所以，相比阿塞拜疆處於弱勢。