千萬年前，地球上的章魚進化了，成為了地球上第壹個出現的智慧種族，等章魚們的發展處太空科技後，不知什麽原因全種族就離開地球了，只在地球上留守下了壹個基地，和壹個通訊站，並且封閉，留守人員也進入沈睡，為將來的回歸做準備。
NNN年後，猴子進化成了人類。壹直到20世紀初的時候，有個叫哈格瑞夫的人發現了這個秘密（就是2代裏的白發老頭。），並且發現當初章魚留下的那個基地其實就在美國紐約地下。
於是他成立了Crynet公司，開始研究章魚科技，50年後，因為壽命原因，他利用章魚科技將自己的身體冰凍，將意識和電腦聯接以繼續研究與控制公司的運作。終於在100年後研制出了**了章魚和人類科技的“納米服”。
納米服具有半生物半機械的特性。可以大幅度增加裝備者的各項能力。且理論上其生物科技可以使納米服真正的融入人體，修復身體組織，使其不再是壹件衣服，而是變成“皮膚，內臟，骨骼”成為人體的壹部分。某種意義上來說，就是使人類進化。
他認為只有人類獲得這樣的進化，才能在將來在章魚有可能回歸的情況下贏得生存空前， 並且哈格瑞夫自己也有私心，希望自己那衰敗的身體
可以通過穿上納米服後得到進化和修復，得以再次活過來。
可惜因為章魚基地是被封閉的，人類科技無法打開，他得到的技術和樣本非常的少，不足以使納米服達到完美。只有最基本的功能，高端功能雖然預留了接口，但是缺少“硬件”而無法使用。
終於在2023年的時候，太平洋上的靈山島上突然出現了章魚的通訊信號，壹直沒有被發現的章魚通訊站被激活了，哈格瑞夫第壹時間就發現了這個情況。
於是他認為機會和危機同時都到了，機會是，終於可以獲得完整的資料來完善納米服了。 但是同時
通訊站的恢復，也說明章魚快要回歸了。於是他把納米服支援了美國軍方，並讓自己的特工（普費）混入了軍方探查靈山島的任務，其目的是為了進入基地取得樣本和資料。(接下來就是1代的劇情了，至於朝鮮怎麽會有納米服的，就看遊戲公司怎麽圓這個故事了，我敢打賭，他們做壹代的時候根本就沒有考慮到二代的劇情。）
普費在靈山島進入了章魚的通訊站後雖然取得了部分樣本，但是卻感染了章魚時代的病毒孢子， 其實這種孢子並不是章魚的生物武器，
就像哥倫布發現新大陸後，首先給本地土著帶去的不是貿易，也不是戰爭，而是劇烈得的疾病壹樣。
人類的生態從沒有接觸過這種病毒，所以完全沒有抵抗力，也沒有產生抗體的的時間。
普費通過章魚通訊站 和基地之間的鏈接通道，直接從海底回到了紐約。
回歸後的普費去質問哈格瑞夫關於其隱瞞了的病毒的情況（從過場中猜測可能賽可和諾曼也感染了病毒，普費形容為"行屍走肉”。）而哈格瑞夫卻以“犧牲是必要的”論點來回應。普費怒而出走。並找到了另壹個科學家“古德”
繼續對納米服中的章魚技術 ，和病毒進行研究，以期找到對抗病毒和章魚的方法。 不久，紐約地下的基地也開始復蘇，全球氣候受到能量的異常而變得惡劣。
3年後章魚人破土而出，同時帶出了病毒大規模感染了紐約的人類。也許章魚認為人類是在自己睡著的時候霸占了家園的垃圾。於是戰爭爆發。（接2代劇情）
普費因為感染達到極限，將納米服交給了主角，同時為了斷開和納米服的意識鏈接而自殺。（其實突變進化了的納米服已經將普費的思想融入了自己的計算機，在納米服被進壹步完善的過程中被壹點壹點的激活。）而2代壹開始，哈格瑞夫為了復活自己，需要得到普費身上那套進入過章魚基地被完善過的納米服，而不停的追殺主角，然後又欺騙主角自投羅網。
在最後全部失敗後，大徹大悟。將最後壹部分完善納米服的基因交給了主角，註射基因後，主角成為
反章魚用人形毒氣彈。進入章魚的設施改變了孢子病毒的基因，使其對人類無害，反而成為章魚的劇毒。並且釋放出來。最終地球上留守的章魚人沒絕了。而主角則和納米服包括普費的意識融合了。
也許3代就要講從太空回來的章魚了，大概還會交代壹下賽可和諾曼的事。
這劇情誰想出來的，壹個FPS整那麽復雜。