南京站和南京南站不是壹個站，兩站之間距離大概相差13.19公裏。
南京站和南京南站的區別如下：
1、地理位置不同
南京站位於南京市玄武區龍蟠路111號，前臨玄武湖，後枕小紅山，是中國唯壹臨湖依山的火車站，被譽為“中國最美火車站”；南京南站位於江蘇省南京市雨花臺區玉蘭路98號，是亞洲第壹大火車站。
2、面積不同
南京站占地面積36萬平方米，總建築面積42萬平方米，站房總建築面積11萬平方米，站場規模為8臺16線；南京南站占地面積約70萬平方米，總建築面積73萬平方米，站房總建築面積約45.8萬平方米，其中主站房面積達38.7萬平方米。
3、建設時間不同
南京站始建於清朝光緒三十壹年（1905年），原址位於南京下關地區；1968年9月遷入現址，與南京長江大橋同時建成投入使用；2005年7月完成改建工程，並首次采用“高進低出”的方式，成為中國各地火車站新建改建的範本；2014年8月啟用新建的北站房和北廣場。
南京南站規劃於1986年，地處南京南部新城的核心區；1991年進入早期規劃階段；2008年1月正式開工，北靠雨花臺風景區、南臨秦淮新河、西接牛首山；2008年8月規劃設計方案最終確定；2011年6月28日南京南站及北廣場正式投入使用，成為中國第壹個通過垂直換乘實現真正零換乘的交通樞紐，其“垂直換乘”的設計理念被鐵道部全面推廣和使用。
4、班次情況不同
南京站班次情況：高鐵班次有76個班次，如G7068、G7111、G7027、G7042、G7069等；動車班次有25個班次，如D5422、D5424、D5432、D5438、D3141等；城際班次有79個班次，如C3111、C3772、C3868、C3189、C3193等。
直達特快列車有27個班次，如Z304、Z88、Z40、Z216、Z368等；特快列車有17個班次，如T109、T110、T114、T7776、T153等；快速旅客列車有120個班次，如K5578、K1511、K48、K464、K1328等。
南京南站班次情況：高鐵班次有633個班次，如G264、G1770、G1774、G7084、G7478等；動車班次有137個班次，如D2190、D2256、D3046、D2197、D4682等；城際班次有15個班次，如C9707、C3201、C3253、C3257、C3255等。