1.男性NGU癥狀與淋菌性尿道炎相似，但程度較輕，可有尿道刺癢，燒灼感和排尿疼痛，少數有尿頻。尿道口輕度紅腫，分泌物稀薄、量少，為漿液性或膿性，多需用手擠壓尿道才見分泌物溢出。長時間不排尿或晨起首次排尿前有時能見到逸出尿道口的分泌物汙染內褲，結成黏糊狀可封住尿道口(稱為糊口)。有些病人(30%～40%)可無任何癥狀，也有不少病人癥狀不典型，因此，約有壹半的病人在初診時易被誤診或漏診。有19%～45%患者同時伴有淋球菌感染。50%～70%的男性患者如不治療可在1～3個月內自愈。未經治療的衣原體尿道炎癥狀可自行減輕，病情緩解，但無癥狀的衣原體感染也可持續數個月至數年。
2.女性NGU女性NGU或NSGI的臨床特點是癥狀不明顯或無癥狀。當引起尿道炎時，約有50%的病人有尿頻和排尿困難，但無尿痛癥狀或僅有很輕微的尿痛，可有少量的尿道分泌物。若感染主要在宮頸時，則表現為宮頸黏液膿性分泌物(37%婦女)和肥大性異位(19%)。肥大性異位(hypertrophicectopy)是指水腫、充血和易致出血的異位區。可有陰道及外陰瘙癢，下腹部不適等癥狀，常被誤診為壹般的婦科病。未治療的宮頸衣原體感染可持續1年或更長時間，且會出現各種臨床表現和並發癥，如尿道炎、急性尿道炎綜合征、子宮內膜炎、成人沙眼衣原體眼部感染等。以宮頸為中心的沙眼衣原體播散的危險性可能小於生殖系統淋病播散的危險性。
3.合並癥附睪炎是男性NGU的主要並發癥，它的主要癥狀是附睪腫大、發硬且有觸痛，如累及睪丸時可出現疼痛、觸痛，陰囊水腫和輸精管變粗等。從腫脹的附睪中抽取液體，有時可分離到衣原體。臨床上常可見到附睪炎和尿道炎同時存在。並發前列腺炎時可有後尿道、會陰和肛門部位的重墜和鈍痛感。疼痛可放射到橫隔以下各個部位，在晨間較為明顯。可產生性功能障礙。直腸指檢可觸及腫大的和有壓痛的前列腺。在急性期時，由於前列腺嚴重充血，腫大的腺體可造成尿道的梗阻癥狀如尿流變細、排尿無力、尿頻和尿流中斷等癥狀。在男性，系統性並發癥及生殖器外器官的感染比較少見，常見的有急性濾泡性眼結膜炎、Reiter綜合征(即尿道炎、多發性關節炎、結膜炎三聯征)、眼色素膜炎和強直性脊柱炎等。有報告解脲支原體可吸附在精子上，抑制受精，造成生育力低下。
在女性，主要並發癥為急性輸卵管炎。急性期可有寒戰、高熱和下腹痛，可有骶部酸痛，並向大腿部放射。婦科檢查宮頸可有推舉痛，子宮壹側可有明顯壓痛和反跳痛，約25%患者可捫及增粗的輸卵管和附件的炎性腫塊。慢性輸卵管炎表現為下腹部隱痛、腰痛、月經異常及不孕癥等。此外，衣原體感染還可導致異位妊娠、不育、流產、宮內死胎及新生兒死亡。但亦有許多患者除不孕外，可無任何自覺癥狀。
1.病史有婚外性接觸史或配偶感染史，通常潛伏期1～3周。
2.有NGU的癥狀和體征。
3.實驗室檢查
(1)尿道或宮頸分泌物塗片未見細胞內(外)革蘭染色陰性雙球菌，培養亦無淋球菌生長。
(2)男性尿道分泌物塗片可見到多形核白細胞，在油鏡(1000倍)視野下平均每視野中多形核白細胞>4個為陽性。晨尿(前段尿15m1)沈澱在高倍鏡(400倍)視野下每視野平均有多於15個多形核白細胞有診斷意義。或男性病人<60歲，無腎臟疾病或膀胱感染、無前列腺炎或尿路機械損傷，但尿白細胞酯酶試驗陽性。
(3)女性宮頸黏液膿性分泌物在油鏡(1000倍)視野下平均每視野中多形核白細胞>10個為陽性(但應除外滴蟲感染)。
(4)衣原體或支原體檢查陽性。