內分泌科成立於八十年代。現擁有床位22張，年門急診量30000余人次，擁有心電監護儀、胰島素泵、手指血糖儀、尿微量白蛋白快速測定儀等先進設備。30多年來，在新老專家的***同努力下，內分泌科逐漸發展成為上海西南地區規模較大、技術力量最強的科室之壹。有副主任醫師3名；副教授、碩士生導師1名；主治醫師3名；住院醫師4名。並曾聘請了全國著名內分泌專家沙松林教授作為技術顧問全面指導業務，吸引了各地的患者慕名前來就診。除糖尿病及其並發癥的診治外，內分泌科在其他內分泌疾病的診療、危重病人（如糖尿病酮癥酸中毒、糖尿病非酮癥高滲昏迷、甲亢危象、垂體危象、腎上腺危象、黏液性水腫等）的搶救方面積累了豐富的臨床經驗，並對庫欣氏病、皮質醇增多癥、尿崩癥、胰島細胞瘤、泌乳素瘤等較少見的內分泌疾病有獨到的治療經驗。
在科研工作方面，內分泌科擁有自己的實驗室。近年來***完成上海市科委、上海市衛生局、復旦大學科研基金及閔行區科委的科研課題9項。在《中華內科雜誌》、《中華內分泌代謝雜誌》、《中華老年醫學雜誌》、《復旦學報》等各類雜誌上發表論著約50余篇。主編出版了1本專著，還參與了《臨床實驗診斷學》的撰寫。在國內最早進行有關2型糖尿病壹級親屬脂聯素和頸動脈IMT5年隨訪的臨床研究。1994年，內分泌科參加並完成了“全國糖尿病患病率”普查中上海閔行區的抽樣普查工作；1996年，內分泌科參與完成了由中國、新加坡等多國組成的“亞洲青年糖尿病五年跟蹤治療觀察”的科研課題。2003年底成立了糖尿病學校，針對廣大糖尿病患者普及糖尿病的相關知識，每月舉辦壹次講座。內分泌科同時承擔復旦大學醫療系、七年制臨床醫生、公***衛生系，皖南醫學院醫療系和成人教育系的實習帶教及理論教學任務。內分泌科還積極參與“上海廣播電臺”組織的糖尿病知識講座。 復旦大學附屬上海市第五人民醫院神經內科是醫院的重點專科之壹，目前擁有固定床位34張,其中重癥監護室6張,床位使用率>100%。本科配備有重癥監護系統、肌電圖、腦電圖、誘發電位、眼震電圖等固定設備及相應的醫技人員。本科對腦血管病、脊髓病、周圍神經病、癲癇、錐體外系疾病、肌肉疾病、各種顱內感染、頭痛及眩暈病癥有豐富的診療經驗，多次因成功救治危重及疑難病例得到上級部門的嘉獎。除臨床工作外，本科醫師均分別承擔有市、區及院級的多項科研項目，其中超早期腦梗塞的溶栓治療成功率高，達到了市級先進水平。
神經專科原屬大內科的壹個專業學組，收治神經科常見病、多發病。2000年成為壹個獨立的病區，並經嚴格篩選從外院引進人才作為學科帶頭人，專科得到了很大的發展，醫療業務、科研實力、教學工作上了壹個新的臺階，得到了病人的認可，現除接診閔行及周邊地區的病人外，還接診了許多外省市、外區的病人。
專科現已形成了合理的人才梯隊，有高級職稱2名，主治醫師3名，主管技師1名，主管護師2名，住院醫師3名。 腎內科成立於1985年5月，是上海西南市郊成立最早的腎臟病科室，是閔行衛生局特色醫療專科，承擔上海西南市郊，包括閔行區、奉賢區、金山區、松江區、浙江省及江蘇省臨近區縣的腎臟病醫療任務，為該地區人民的健康做出了重大貢獻。
目前腎內科分為門診、病房和血液透析室三個部分，年平均普通門診量4500余人次，專科門診量4000余人次，專家門診量2000余人次，尤其是專家門診實力雄厚，顧勇教授、徐元釗教授等名醫坐堂，吸引了閔行及周邊地區的廣大腎友就診，從而使得我科擁有穩定的病源。病房床位25張，年住院患者500余人次，每年腎臟穿刺人數150余例次。血液透析患者90余人，年透析次數達1萬余人次。
慢性腎臟疾病的規範診治是我科的特長之壹。病房主要收治原發性腎小球腎炎，腎病綜合征，間質性腎炎，腎小管疾病，各種繼發性腎小球疾病如紅斑狼瘡性腎炎、高血壓性腎病、糖尿病腎病、痛風性腎病等，尿路感染（包括急、慢性腎盂腎炎，膀胱炎），各種原因所致急慢性腎功能衰竭，藥物及毒物中毒。我科是閔行區率先開展B超引導下經皮腎活檢術的單位，此項檢查目前已成為常規項目。利用B超引導下經皮腎活檢明確腎臟病理類型，不僅大大提高了我科的診療水平，同時為患者的個體化治療帶來了可能，並為形成臨床-病理-治療的模式提供了保證。
血液凈化治療是我科的另壹特色。在上海西南市郊開展早、規模大、設備先進、患者多，凈化方法齊全，技術水平高，患者存活質量好。透析室擁有透析機20臺，包括德國費森尤斯4008B、德國貝朗等機型以及德國貝朗CRRT機1臺。開展的業務包括血液透析、血液濾過、持續性腎臟替代治療（CRRT）、血液灌流等。目前擁有二級反滲水的水處理系統，從源頭上保證了血透患者的生活質量。透析室為病人提供精心的治療和護理，配備彩電，為病人提供舒適、溫馨的治療環境。自開展CRRT技術以來，涉及胸外科、普外科、呼吸內科、神經內科、ICU等多個學科，為院內多學科之間危重癥患者的搶救起到了非常重要的保障作用。每年均通過上海衛生監督所監測和上海市血透專業質控，對我們的透析水平和管理水平均予以良好的評價。腹膜透析（CAPD）是近年來開展的項目，目前擁有長期隨訪患者20余人。
腎內科在保證完成臨床醫療任務的同時，重視人才梯隊的建設和培養。目前***有工作人員26人，醫師8人，護師18人，其中主任醫師（教授）3人，主治醫師2人，住院醫師3人。包括博士後2人，碩士生1人，在讀碩士生2人。並擁有閔行區首屆科技之星1人。腎內科是我院最早成為復旦大學碩士研究生培養的科室，有博士生導師1名，碩士生導師2名，在培碩士生8名。同時承擔復旦大學上海醫學院七年制、皖南醫學院、蚌埠醫學院的臨床教學任務。 2002年內科三級分科後正式設立了消化內科。隨著學科的發展，建立起了壹支較強的醫療技術隊伍和合理的人才梯隊，推動了醫教研的同步發展。
消化內科八十年代開始應用纖維內鏡診治胃腸道疾病。九十年代逐漸形成消化專業隊伍，進行消化專科的進修及內鏡技術的培養，並積極參加國內、市內各種消化學術交流活動，並把新知識、新技術應用於臨床，胃鏡、腸鏡、十二指腸鏡的開展為消化系統疾病的診治開創了壹個新的局面。
消化內科成功地搶救了很多消化系統的疑難和危重病人，如肝硬化並出血、肝昏迷、腦水腫、多臟器功能衰竭、急性重癥胰腺炎、蛋白丟失性腸病、電解質紊亂、急性腎功能衰竭、休克等及各種病因的消化道大出血等。消化內科開展了腹水回輸工作，對各種原因的頑固性腹水的治療取得良好的效果，用胃腸起搏器治療了各種原因的胃腸動力功能障礙性疾病，療效良好。消化內科結合臨床開展了急診胃鏡檢查和治療，如食管靜脈曲張並出血的硬化劑、圈套治療，內鏡下取異物、放支架、息肉摘除，開展ERCP檢查和乳頭肌切開取石，放置支架等高難度的診治，在上海同級醫院處於先進水平。
科室***發表論文30余篇，其中科研項目“CagA基因菌株HP檢測與胃十二指腸潰瘍”獲98年閔行區科技成果二等獎。消化內科還承擔院級、區級課題2項。 心內科隸屬於大內科，1979年成立了單獨的心臟監護病房（CCU病房，擁有床位5張），1999年三級分科，使心臟病的診療專科化。至今已發展成為擁有9名專業醫師，30張床位，集科教研臨床診療為壹體的綜合學科，2003年當選閔行區心血管內科特色專科。
心內科在五院獨立成科較晚，但它在內科中的地位不容忽視，從上世紀50年代的郭守蔚主任、70年代的禹寶蓮主任、蔔國強主任、金松元主任、80-90年代的張祖茂主任，在上海西南地區都享有很高的醫學地位，並曾聘請了全國著名心血管病專家浦壽月教授、何梅先教授作為技術顧問全面指導業務，吸引了各地的患者慕名前來就診。尤其是2002年來通過引進人才和培養人才，在現今科室負責人許澎，副主任伍旭升的帶領下，狠抓規範化的診療，使心內科的整體業務素質，診療水平得到大幅度的提高，同時開展了多項新技術新業務，診療患者數目成倍增長，危重癥患者搶救成功率達95%以上，現已成為上海市西南地區規模較大、設備齊全、技術力量很強的科室，已贏得了社會的好評，在上海市心血管界也享有壹定的地位。
目前心內科設有CCU病房，普通病房，心導管室，無創功能檢查室，心電圖室等，擁有心臟科專業醫師9名，其中副主任醫生3人、主治醫生3人、住院醫生3人，碩士及在職碩士研究生5人、並有西門子數字化心血管造影機（DSA）、計算機化多導心電生理記錄儀（BARD）、惠普多中心心電監護系統等先進設備。年收治病人500余人次，門診5000余人次，各種手術200余臺。 血液內科是復旦大學附屬上海市第五人民醫院特色專科，病房編制床位22張，擁有獨立的血液實驗室，擅長診治骨髓瘤、淋巴瘤、骨髓增生異常綜合征、白血病、血小板減少性紫癜、過敏性紫癜、血友病、易栓癥、各類貧血和發熱原因待查等常見血液系統疾病，對骨髓瘤、骨髓增生異常綜合征、白血病、血栓栓塞性疾病和出血性疾病的診治具有壹定的特色。
科室註重國內外的聯系與交流。國際上，與日本國立廣島大學原爆放射線醫科學研究所和加拿大McGill大學血液內科開展了國際交流與合作；上海市內與華山醫院、瑞金醫院、中山醫院、壹醫、新華醫院等有著密切的交流與合作，市外與武漢同濟醫院、協和醫院、河南醫科大學附屬醫院、廣州醫學院附屬醫院等有著廣泛的聯系。
現任科室主任劉立根為復旦大學上海醫學院授課教授、上海市首批“醫苑新星”培養對象，曾赴日本國立廣島大學研修和擔任訪問教授1年，具有豐富的臨床經驗和強烈的學術意識。血液內科現有醫療和醫技人員17人，其中教授（主任醫師）3名、主治醫師3名、主管檢驗師2名、主管護師2名、初級人員7名，具有碩士學位4人。 面對老閔行區老年人群多於本市其他區縣同類人群的特點、住院難較為突出為背景。得到醫院各方面的重視和關註，1997年4月組建老年科、與此同時由12病區康復病床為基礎進行人才和衛生資源的重新整合。2002年承擔區科委課題《Ⅳ期非小細胞肺癌聯合化療對照研究》獲三等獎、2003年《血管內皮生長因子與肺結核活動性的研究》、《慢性阻塞性肺病合並腦梗塞的臨床研究》、《老年住院患者憂慮狀況與生活質量的相關調查研究》院級課題及將進行課題鑒別和申報區級課題。多年來開展了高難度經皮肝穿刺活檢術、經皮肺活檢術、經皮心包穿刺化療術。通過努力活躍了學術氣氛、提高技術水平。建科以來診斷出疑難病數10例，如肝肺綜合征、多動脈硬化多漿膜腔積液等。省市級以上雜誌發表文章11篇。隨著雙水平呼吸機的應用、慢阻肺合並呼衰的緩解率大有提高。
現有醫護人員17人，副主任醫師2人，主治醫師2名，住院醫師5人(其中碩士1人)，護師8人。設定床位30張，年收治病人456人次。先後開展了4個不同學科專業門診。擁有先進的雙水平呼吸機、心肺監護儀各1臺。全科醫護實行部分區域性計算機管理。