醫生不是真死了,不過要到第四季才揭曉[這是大劇透啊...]
前情提要：故事從第二季結束michael被關到號稱有去無回的巴拿馬索納監獄開始
越獄第三季劇情
第1集
剛到索納的Michael立馬嗅到了死亡的氣息，親眼目睹壹場犯人間的決鬥讓他更加感到不安。領事館律師告訴Lincoln，他可以幫Michael轉獄，然而提到有關掉下河的裝有500萬的背包，律師稱“毫無發現”。 Bellick在獄中壹點也不好過，他成了犯人們戲弄的對象。而Mahone沒有了小藥丸，只好依靠思念家人減輕藥癮來襲的痛苦。 獄中新人們按慣例來見老大Lechero，Lechero對Michael的越獄事跡早有聽聞，時刻提防著Michael，擔心獄中的地位會因為這名越獄明星的到來動搖，並抓準機會為難Michael。他命令壹名叫“金臂鎧”的手下陷害Michael，企圖通過決鬥的形式解決這顆眼中釘。Mahone暗中幫助Michael，並在其差點被對方刺殺的緊張關頭及時解救。 世界果真很小，“T-BAG”也被送入了索納，他壹入獄就忙著討好Lechero，成了他的手下。而被逼去清理廁所的Bellick則得到躲在通風管內的神秘人分予的食物，代價是要幫神秘人傳紙條。 Lincoln收到警局的電話，要他去殮房認Sarah的屍，原來是虛驚壹場。此時，Lincoln竟接到兒子LJ的電話，要求兩人見面。Lincoln準時赴約，卻發現來見他的是壹個自稱Gretchen的女人，她用Sarah和LJ的生命威脅Lincoln，如果不能讓Michael在壹周之內與索納內壹名神秘人壹起越獄，就幹掉Sarah與LJ。 而這名被點名要求解救的犯人名叫Whistler，正是那名躲在通風管內的神秘人。
第2集
索納監獄裏，每個犯人都得遵守Lechero制定的遊戲規則，否則必死無疑。 壹次爭鬥中，Lechero的壹名隨從打翻了供水的大桶。要知道，從監獄暴亂後，看守們停止了正常供水，取而代之的是每周的固定桶裝水量。頓時獄內壹片沸騰，壹名白人更是企圖造反。 Bellick以飲用水為條件，供出了Whistler的藏身地——下水道。壹番秘密交流後，Michael答應會帶Whistler離開，並讓其暫時待在下水道裏。 傷愈的Sucre買了槍，怒氣沖沖地跑到索納打算解決掉Bellick，卻得到了壹個他倍感驚訝的答案。原來Bellick從來沒有抓到過自己的戀人，她此刻正安全的呆在芝加哥。Sucre意識到他會給戀人帶來危險，痛定思痛，在電話裏與戀人依依不舍地道別。 此刻，愛到處與新人搭訕的小男孩告訴了Mahone關於Whistler的壹個秘密。原來Whistler殺死了市長的兒子，市長赦權Lechero，只要任何人能抓住並殺死Whistler，就可以得到上庭重審轉獄的機會。Mahone意識到Michael肯定也知道這個消息，於是立即采取行動。 Michael找上了Lechero，並告訴他獄內因缺水引起的混亂可以解決，Lechero不屑壹顧。機智的Michael用Lincoln捎來的錢買了烈酒，他把蘸了酒的棉布投入下水管內，炸暴了水管。犯人們看著無盡湧出的凈水，獄內再次壹片沸騰。此刻，捷足先登的Mahone卻把奄奄壹息的Whistler從下水道中帶了出來，Lechero的眼裏露出了壹絲殺機。 Lincoln跟隨取走屍體身上紙條的神秘女子來到壹間銀行，看見她取走了壹本有關鳥類指南的小冊子。他意識到此女為Whistler的女友，立即把小冊子奪走，並再次與威脅他的女人Gretchen見面。Lincoln很聽話的把神秘小冊子上交給Gretchen，待Gretchen離去，Lincoln卻取出另壹本冊子琢磨起來。原來Lincoln早已將線索掉包。
第3集
Lincoln在下榻的旅店房間內收到神秘信函，裏面附了被綁架的LJ和Sarah最新的照片，正當Lincoln想追出去探個究竟時，Sucre出現了。他希望Lincoln能幫他尋回那失蹤的五百萬，卻驚然得知LJ和Sarah被綁架的消息。 索納裏，Michael，“T-BAG”，Mahone這三人的關系無形中變得微妙起來，此外，Michael隨時都能感覺到來自Lechero的死亡威脅。Lincoln帶著照片來看Michael，兩人都發現Sarah在拍照時的手勢似乎想暗示某些東西，Michael見到此狀，愈發想與Sarah獲得聯系。他迫切希望能擁有壹部電話，時刻與Lincoln保持聯絡，卻得知了壹個沮喪的消息，獄內唯壹的壹臺手機，是Lechero的獨享品。 Mahone從律師那得知，自己還要再熬壹年才能得到上庭重審的機會，藥癮發作的他陷入了絕望。Michael威脅“T-BAG”幫他偷Lechero的手機用，否則則公開“T-BAG”以前犯下的罪行。“T-BAG”無奈之下只好答應。Michael立即撥通了Sarah的電話，卻得到壹番驚人的回答——Sarah仿佛在暗示Michael的壹切努力將是徒勞無功。根據Sarah的暗示，Michael命令Lincoln去尋找她。 “漁夫”Whistler和Michael及Mahone進行了壹番短暫的溝通。他告訴Michael自己是無辜的，而那本鳥類指南正是自己的行程日誌，上面記載了幾個重要的坐標，而坐標所指地正是和見證自己清白的神秘人物有著莫大關聯。 Lincoln根據暗示來到Sarah所在地，可惜匆匆壹瞥後，他眼睜睜的看著兒子和Sarah被抓上車擄走。狡猾的“T-BAG”壹步步獲得Lechero的信任，而Mahone和Michael則壹起探討著幕後“公司”究竟和Whistler有何聯系，謹慎的Michael更是四處觀察，尋找越獄路徑。 而救人失敗的Lincoln則再次接到Gretchen的電話，Gretchen在停車場留了壹個紙箱。壹股不祥的預感襲向Lincoln，他小心地朝紙箱走去…
第4集
Lincoln打開紙箱瞬間崩潰，紙盒子中放的是Sarah的腦袋。而Gretchen更威脅他如果還有花招，那麽LJ性命也不保。Lincoln被逼無奈，再次與Michael見面，但不敢把Sarah的事情告知Michael。 Michael則壹心籌劃越獄計劃，借來獄中結識的少年麥克格雷迪的十字架、讓Mahone去尋找壹支黑色鋼筆，而Lincoln則必須找到那個掘墓人幫忙。Michael用十字架成功制造了停電假象，並且乘機提出要求更換牢房，而也成功得逞。 貝裏克偷聽到Michael的計劃，想要乘機入夥，結果被拒絕，又想出賣這個秘密，不想偷雞未成蝕把米。 而監獄外，Lincoln把計劃報告給Gretchen並且前去買通那個掘墓人，結果誰知掘墓人出爾反爾，最後Gretchen為了保密射殺了掘墓人。 得知了兄弟倆計劃之後，索菲亞找到Lincoln，要求壹起行動。而Sucre也因此得知蘇拉死訊，最後決定出手替代掘墓人，參與進了越獄計劃。 Gretchen從Lincoln手裏面拿到了真正鳥類手冊，並且寄給了Whistler，裏面赫然夾著壹張紙條：“妳時間不多了！”
第5集
夜幕降臨，索納彌漫著死壹般的寂靜。陰暗的角落裏，Michael正偵察著高墻內的形勢：壹只老鼠爬過廣場，唦唦作響。獄警幹脆壹槍，只留下壹團血肉模糊的屍體。Michael打了壹個寒戰：看來夜間行動的計劃泡湯了。 眼看就要到越獄時間的最後期限了。Lincoln再次與Michael會面。Michael交待了他打算日間越獄的計劃，並再次詢問Sarah的消息。Lincoln編了個謊，Michael不禁露出懷疑的神色。然而大事在即，兩人只好把兒女私情放在壹邊。 Lincoln回到酒店，與Whistler的女友索菲亞緊鑼密鼓地為Michael的越獄做準備，事情卻未如想象般順利。而Sucre假扮“掘墓人”的身份引起了壹些神秘人的關註。在金錢的誘惑下，Sucre答應為他們向獄內運送包裹。 “T-BAG”為了贏取Lechero的信任，忍受著非壹般的侮辱謾罵。最讓他感到痛苦的是Lechero總是能隨心所欲的玩弄女人，而他卻只能體會欲望的折磨。 Michael終於找到了警衛的弱點。他試圖利用電器造成的電磁脈沖幹擾警衛的電視信號，從而分散警衛的註意力。當壹切正如Michael計劃進行時，意外出現了。由於反光，壹名警衛發現了Michael觀察環境用的高倍望遠鏡。 壹群警衛沖入索納，質問究竟是誰在用望遠鏡。Michael承認了是自己的，壹把槍立馬抵在了Michael腦門上。突然Whistler站出來，大聲嚷到是自己用望遠鏡在觀察候鳥，並拿出鳥類指南解釋。警衛相信了，並沒收了望遠鏡。Michael此刻呼出了壹口大氣。越獄計劃愈發困難起來。 Lincoln和索菲亞發現穿過森林到達索納的方法行不通，兩人只好改走海岸線，卻發現能步行至索納邊緣。他們並不知道Michael的越獄計劃面臨著被腰斬的危險。然而，Mahone的意外發現，卻讓Michael希望重燃。 還有不到24小時，原定的越獄計劃就要開始了… 壹切卻仍是未知數。
第6集
獄中來的新囚自稱見過Whistler，而Whistler卻口口聲聲說從未見過這人。此舉引起了Michael的懷疑。離越獄的時間還剩3個小時了，Michael叫來了Lincoln，讓其設法在獄警的咖啡內下藥。再次詢問起Sarah的近況，Michael要求看到Sarah的照片，否則取消越獄計劃。Lincoln壹帶而過，心中更加不安起來。 Michael在獄內尋找著最適合逃跑的房間，卻發現那是普通囚犯的“禁地”——那是Lechero忠實手下薩米的房間。探路之際，正逢薩米回來。千鈞壹發之際，Michael冷靜地從側門離去，逃過壹難。 Mahone在FBI的朋友找上門來，希望將他調出索納。作為交換的條件，Mahone必須在庭上供出他所知道的關於“公司”的壹切消息。Mahone考慮過後，還是接受了。 可憐的新囚被謀殺了，Lechero誓要抓到兇手。矛頭立馬指向Whistler。此時狡猾的“T-BAG”已經取得了Lechero的信任，他正計劃著鏟除眼中釘——薩米。 Lincoln壹邊準備著弟弟的越獄計劃，壹邊忙著問Gretchen取照片，並確保LJ的安全。在咖啡掉包計劃上出現了波折，情急之下，Whistler的女友索菲亞巧妙地搭上了獄警的順風車，並順利把他的咖啡換成事先下了迷藥的咖啡。不想獄警起了色心，情急之下索菲亞自稱是Lechero的女人，終於化險為夷。 “T-BAG”偷到了薩米的戒指，交給Michael，更暗示他，如果想Whistler安然無恙，必須犧牲壹個無辜的人。Michael聽了“T-BAG”的話，將薩米的戒指丟到了血泊中。然而出乎意料的是，他竟在Mahone的房間找到了壹把帶血的刀。Michael找到了Lechero，正準備理論之際，Lechero捅死了自己的壹個手下，他告訴Michael自己已經找到了兇手。在上天的眷顧下，Whistler保住了小命。 Gretchen帶給Lincoln的Sarah照片依舊是上次那張。Lincoln料到紙是包不住火的了，他壹五壹十的將Sarah的死告訴了Michael。 知道真相的Michael平靜地離開了。他找到了Whistler，將壹切都歸咎於他，繼而歇斯底裏地大罵起來。盛怒之下，他丟下了壹只雞爪，向Whistler挑戰。Whistler驚呆了。Lechero給兩人15分鐘的準備時間。就在Whistler又急又納悶的時候，Michael悄然出現。 原來剛才的那壹幕只是做戲，利用決鬥分散囚徒們的註意力，而真正的越獄行動即將開始。
第7集
三點，雙方約定決鬥時刻。但此時兩人卻在暗度陳倉實行越獄，誰料成事在天，雖然壹個獄警被藥倒，但陽光卻沒有給他們足夠時間。Michael和Whistler只能暫時退回囚室，並且他們沒有時間掩蓋越獄痕跡。兩人最終被迫決鬥，就在Whistler要對Michael實施致命壹擊時候，循跡而來的獄警出現了，當場擊斃壹個囚徒殺雞儆猴，並且警告Lechero如果不能管教好手下的人，那麽就會找個人取代。暴怒的Lechero抓走Michael，卻是要求Michael繼續實行計劃，並且帶他壹起走。因為他亦知道自己在監獄的統治權已經受到威脅。監獄外面，越獄失敗使得Lincoln只能強奪人質，但和Sucre使盡全力也沒有救出LJ。Gretchen悄悄來到監獄探訪Whistler，Whistler要求多給兄弟倆四天時間，而這壹切都被Michael看眼裏。
第8集
Gretchen答應給兄弟倆多4天時間去籌劃越獄，但組織可沒有那麽好的耐心。“將軍”出現了，並要求Gretchen強行把Whistler救出來，至於兄弟倆和Whistler女朋友索菲亞——他們已經沒有利用價值了。監獄裏面守衛正用強化鋼加強各處窗門，而Lechero和Michael壹眾人則繼續籌劃新越獄計劃。Lechero和Michael雖然暫時結成利益同盟，但卻有各自的想法。Whistler已經知道組織會強行營救，只需要5點時候出現天臺上就可以了。Michael通知Lincoln會面臨危險，而經過槍戰後脫險Lincoln和Sucre告知Michael組織已經派出殺手來殺他們。Michael突然意識到，這意味著組織有其方法來營救Whistler。於是Michael跑到天臺上並且阻止了Whistler逃跑，而組織派出兩架直升機也只有無功而返。近期已經遭遇不少事件的監獄守衛被這次越獄徹底激怒了，認為壹切都緣起於Michael，並且決定把他帶離這個監獄——Michael命運又將陷入壹片迷霧中。
第9集
索納監獄迎來了壹個新監獄長，在他的高壓政策下Michael說出了整個事情真相。監獄長無法相信這個離奇的故事，於把Whistler也抓來和Michael對峙。最終Whistler也經受不住刑罰，招認參與越獄。監獄外，Lincoln繼續在Gretchen和Michael中間絞盡腦汁。而Gretchen出現，並且帶來了LJ，展現了壹定程度上的善意。而Sucre為了掙錢養活老小再次接受了送貨去索納監獄差事，殊不知盒子裏面放著的是壹支手槍。監獄內，黑幫老大Lechero正策劃者壹個陰謀。Michael想辦法聯系到了Lincoln，並且靠這條訊息讓監獄長抓到了Gretchen。Gretchen，Whistler，Michael，三方對峙。監獄長終於相信了這個故事，並且找人設法去救LJ。但事情發展並沒有那麽順利。Gretchen把他們引入了壹個陷阱，殺掉了監獄長，再次用LJ性命威脅Lincoln。監獄長死了，Whistler和Michael重返監獄；加上之前回來的Mahone，壹切似乎回到了原點……
第10集
Lincoln和索菲亞拿出Sucre給他的紙片按照地址購買了黑市炸彈。順帶壹提，經過這麽多事情其實兩人早已傾心彼此，在計劃中照顧對方，心照不宣。當Lechero在SONA逐漸喪失權利時，薩米使得Michael的越獄計劃瀕臨破產。 T-Bag和Bellick加入了越獄計劃中，此時薩米成為了監獄領導者，T-Bag希望Bellick神不知鬼不覺殺了薩米，但是Bellick的丙酮用完了。薩米對Michael的首級進行了懸賞，很快發現Michael想要越獄。幸運的是，Michael計劃破壞隧道時，跟蹤而來抓個正著的薩米卻因隧道塌陷而死掉。Lechero再次奪回權利。而此時Linc和Sucre計劃炸死Gretchen。
第11集
Gretchen綁架了索菲亞，以此逼迫Whistler告訴公司他們想要的情報。Michael被人威脅，提前了越獄時間，在當晚便進行越獄。麥克格雷迪參加到了越獄行動中來，T-Bag和Lechero組成了聯盟 。Lincoln和Sucre在外支援。但是，Sucre卻因為自己化名的問題遇到了麻煩，被獄警截下盤問。Michael打電話給發電機的生產公司試探斷電後多久可以恢復供電，然後遺憾地告訴大家只有三十秒的時間。在地道中決定逃亡順序時，Bellick、Lechero和T-Bag威脅Michael先讓他們跑，要不然就殺了Whistler。Michael答應下來，小聲讓麥克格雷迪跟在自己身後，並問Mahone要不要先走的時候，Mahone拒絕了並說“我更習慣看別人的背影而不是把背影留給別人。”
第12集
Lechero、Bellick和T-Bag逃出地道時，電源供應瞬間恢復，燈光大作，他們被逮了個正著，勒切洛被獄警射傷。Michael、Whistler、Mahone和麥克格雷迪在混亂之際成功逃了出來，並走水路潛逃躲避公司的追查。Sucre假掘墓人身份被揭穿，獄警以槍脅迫他說出Michael等人的去向，而Sucre寧死不說。成功逃出的Michael等人打來電話要確認匯合壹起逃走的時候，Sucre正被獄警用槍瞄準著在挖自己的墳墓，他接起電話然後沈默、掛斷並摔碎了電話，壹臉視死如歸地回頭看獄警們。正當Lincoln與格雷琴商量新的交換協議時，Whistler卻因為害怕而自己逃跑了。
第13集
Michael和Lincoln很快抓到了Whistler，準備以他交換L.J和索菲亞的生命。Michael計劃在博物館進行交易，希望公司的人能在要離開前被槍擊制服。Michael制定了相應的逃跑計劃。不料索菲亞中槍，Michael隨即與公司的人陷入了混戰。以下括號內為人物結局：麥克格雷迪回到了在哥倫比亞的家人身邊。索那監獄的警察氣急敗壞缺苦無證據只得把Sucre投入獄中任其自生自滅。T-Bag在殺了Lechero以後，獲得了監獄的最高領導權。馬宏決定再次回到公司中。索菲亞傷勢開始好轉並成為了Lincoln的女友。Michael離開了哥倫比亞，發誓找到Gretchen，鏟除組織，為Sarah報仇。 .