以下為火影忍者主線劇情大致劃分：
1~25，27~51，53~58，60~96，98，100，107~135，221~276，292~309，333~363，372~389，392~395，417~442，463~476，481~490，492~498，502~503，516~522，541~546，548~566，582~595，598~608，611~613，634~635，637~641，671，688，690
1.佐助的抉擇:鼬希望通過壹種新的力量讓佐助完成寫輪眼的升級，那就是--仇恨。但是仇恨卻改變了佐助的人生觀。他生命的第壹段以殺死鼬為目標而冷血，後壹段為給鼬復仇而嗜殺。到目前為止，佐助人性的冷酷程度已經超越了前人甚至是斑。但是依然有壹絲微弱的火苗在燃燒著，在給他心靈角落提供者點滴的溫暖，那就是第七班的回憶。詛咒無法去除，即便是鼬花了那麽大的心血。要去除詛咒，只有召喚外道魔像，從故事的起點修復錯誤。於是佐助面臨著最艱難的決定：不辜負哥哥和歷代宇智波精英的付出收集九尾完成外道魔像的召喚，還是念及舊情，保住九尾並因此保住鳴人.
2.鳴人的抉擇:鳴人的忍者生涯都是和佐助緊緊纏繞著的。這個唯壹給過他兄弟感覺的男孩子壹直沒給他相應的回報，不過他卻矢誌不渝。最初的動機是為了追回佐助，像別的班級壹樣，組成優秀團隊;後來為了自己心愛的女人不再痛苦，而要玉成壹段姻緣;最後是看懂了佐助極端痛苦的內心而要完成對其靈魂的救贖。但是所有這些，鳴人預計的代價都是打敗強大的佐助並把他帶回木葉。但是直到他了解到，原來要徹底拯救佐助，只有自己付出生命。
3.小櫻的抉擇:兩個優秀的男孩子，哪壹個都是她放不下的。所以她不可接受的就是看到他們之間自相殘殺。於是她做出了親手殺死佐助，並因此保證鳴人平安的決定。這是因為前者是她用生命去愛的人，後者是她用生命去關心的人。但是事情的發展是她無力控制的--她看到了鳴人死在佐助面前的可怕局面。盡管鳴人是主動受死的，盡管佐助只是誤傷，盡管這壹切的發生都只體現出了愛，而沒有仇恨--小櫻也做出了自己的抉擇--她啟動了生命療法。當鳴人醒過來之後，當他看到佐助的回歸之後，無上的快樂迅速包圍了他，然而卻不見了小櫻。卡卡西瘦削的身影靜立在夕陽的霧靄當中，依然掩蓋不了肩膀的聳動。“她說妳們兩個要相互愛護，因為那就是她不斷愛著妳們兩個的方式。”
和我們的世界壹樣，忍者的生活也被酸甜苦辣所修飾，就拿主人公來說吧，鳴人的生活中充滿了心酸，從小不被人們所接納，孤獨伴隨著他成長，直到他被他的老師，伊魯卡，接納，從此，他又有了佐助，小櫻，卡卡西老師，鹿丸，很多好朋友，而且在自來也的幫助下學會了使用九尾的力量。不斷進取最終成為了很了不起的忍者。
上面的人物大都活靈活現，人物的性格，很是逼真，故事情節也被描寫的有聲有色，合情合理，好像真的有似的。其中上面的，個個村子的戰爭就像現實生活中國家之間的勾心鬥角壹樣，相互暗算。諷刺了我們現實生活中的人們，表面上看起來和平，但是，暗地裏互相算計，都不希望別人過的比自己好。
火影忍者