虹膜顏色不同：黃瞳孔的虹膜顏色較淺，通常為黃色或棕色；而黑瞳孔的虹膜顏色較深，通常為深棕色或黑色。
光線吸收能力不同：黃瞳孔對光線吸收能力較強，能夠在光線較暗的環境下看得更清楚；而黑瞳孔對光線吸收能力較弱，因此在光線較亮的環境下會感到有些刺眼。