011《鋼琴奏鳴曲《月光》殺人事件》
簡介：毛利壹行人受到已故的麻生圭二先生的邀請前往月影島。可是自從上屆村長的追悼會舉行後，兇殺案便在《月光》奏鳴曲的伴奏下壹件接壹件的展開，川島先生、黑原村長相繼被害，鋼琴奏鳴曲《月光》成為案件的主要線索，到底誰才是殺人兇手呢？
特別篇02-052霧天狗傳說殺人事件
052《霧天狗傳說殺人事件》1小時特別篇
簡介：柯南，蘭，小五郎在壹間寺院借宿時，發現壹個和尚懸梁自盡了。在這個寺院中流傳著壹個霧天狗的傳說，和尚的死法簡直就像被霧天狗殺死壹樣，2年前雖然也發生過同樣的事情，但是警察卻認定為自殺。但是，對自殺的觀點保有懷疑態度的柯南，準備迎接這個天大詭計的挑戰……
特別篇03-076柯南對怪盜基德
076《柯南對怪盜基德》1小時特別篇
簡介：鈴木家收到了怪盜基德發出的要來偷取將在米花博物館展出的黑珍珠的預告函。柯南解讀了預告函向怪盜基德的現身地沖去。其後，基德又發出壹封要在遊艇宴會上偷取黑珍珠的預告函
特別篇04-096走頭無路的名偵探！連續兩大殺人事件
096《走投無路的名偵探 連續兩大殺人事件》
簡介：魔術師九十九元康的妻子來到小五郎的事務所。她覺得壹個星期前被認為自殺的丈夫是不可能自殺的，希望小五郎盡快調查現場……柯南在那裏看到了有暗號的memo和被牌遮住的電話推理出了真正的犯人。蘭在看到以前的影集時發現柯南和新壹小時侯壹模壹樣。相信柯南就是新壹所以把柯南帶到了新壹家門口！正在這個時候有希子回來了。次日柯南和有希子壹起取樂有希子的同學數內家，那裏正在為了遺產起紛爭。這次解決案件的卻是……
特別篇05-118浪花連續殺人事件
118《浪花連續殺人事件》1小時特別篇
簡介：本來是應平次之邀來大阪參觀的柯南，蘭，小五郎卻意外的卷入到連續殺人事件中。屍體墜落到柯南他們乘坐的巡邏車上。據稱這是連續殺人事件的第三個受害者的屍體。還有，從事件現場離開的中年女性也以相同手法被人殺害……
特別篇06-129來自黑暗組織的女子！大學教授殺人事件
129《來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件》2小時特別篇
簡介：柯南的班級轉來了灰原哀。隔壁班級的壹個男孩因為哥哥下落不明而來委托少年偵探團。尋找的時候發現了壹個黑衣女子的身影……。那個組織的真面目到底是？然後，博士和會員和柯南去廣田教授家拿軟盤，可是……
特別篇07-162飛行中的密室！工藤新壹首次事件
162《飛機空中密室！工藤新壹首次的辦案》1小時特別篇
簡介：阿笠博士抽獎抽中了旅行券，於是小五郎、小蘭和偵探團去了沖繩，在飛機上小蘭夢見了以前和新壹壹起去洛杉磯時在飛機上發生的殺人事件。那麽這就是新壹最初的壹頁……
特別篇08-174第二十年的殺機！聖佛尼號連續殺人事件
174《20年的殺意，新佛尼號連續殺人事件》2小時特別篇
簡介：小蘭看到去小笠原參加免費海豚旅行的廣告之後，報名參加了。乘客中據說有當年蛟崎和小五郎壹起追捕過的影子計劃師葉才三。服部收到了叫古川大的人寄來的信，也參加了這個旅行團。後來船上發生了爆炸，那個被燒死的男人是……？並且企圖解開謎題的平次也被人襲擊了。
特別篇09-184詛咒假面的冷笑
184《詛咒的假面在冷笑》1小時特別篇
簡介：小五郎他們去參加為了交通事故的孤兒們的慈善活動，被邀請到發起者的社長家裏。社長的蘇芳紅子在收集面具。連被稱作被詛咒的假面的面具也用來裝飾。為了不讓這些面具出來作怪，晚上0點就會把這件假面之屋鎖掉。當天晚上蘇芳紅子在自己的臥室被殺害，臥室上了兩道鎖，處於密室狀態。同時在蘇芳紅子的屍體周圍被詛咒的假面散落了壹地。這真的是詛咒嗎？
特別篇10-208朝向迷宮的入口！巨神像之怒
208《通向迷宮的入口，巨大神像的憤怒》1小時特別篇
簡介：小五郎等人被邀請參加天部山纜車的揭幕儀式，然而當地居民中，反對纜車開通的呼聲不絕。第二天開幕式，在進入漆黑的通道的纜車中，堂本觀光的社長突然消失了。出了通道，纜車上的眾人發現社長的屍體出現在神像的手中。
特別篇11-219名偵探的會集！新壹vs怪盜KID
219《被召集的名偵探！工藤新壹VS怪盜基德》2小時特別篇
簡介：打算盜取鈴木財閥家的黑珍珠BLACK STAR的怪盜KID，想起了以前關於鐘臺的壹個事件，那是工藤新壹和怪盜KID的第壹次交手。另壹方面，小五郎的事務所裏收到不明發信人的信函，而且裏面裝著支票。小五郎帶著小蘭、柯南壹起到了“黃昏之館”。“黃昏之館”是大富翁烏丸蓮耶的別墅，壹同被招待的還有其他名偵探。而後開始了在館中尋找財寶的遊戲，但偵探們壹個壹個消失，最後留下來的偵探是誰？召集偵探們的犯人的真實身份是……
特別篇12-263大阪雙謎！浪花劍士與太閣之城
263《大阪雙重迷案-浪花剣士與太閣之城》（2小時特別篇）
簡介：浪花的體育館正在舉行高中，大學劍道部的地區比賽。服部平次的改方學院是優勝的候補隊。而新內大的垂水在體育館的倉庫內被殺害。發現人是新內大的面谷，胴口，小手川，袴田。劍道部隊員。垂水之死的迷向平次挑戰。來大版觀光的柯南與平次壹行偶遇秀吉愛好會旅行團（糟屋、福島、片桐、脇阪）。然而其中的壹人，加藤在天守閣出燃燒並墜落。加藤緊握著平次的傘而死亡
特別篇13-304震動的警視廳！1200萬人質
304《震動的警視廳 1200萬人質》2小時特別篇
簡介：處理郵局強盜事件後，佐藤刑事想起了3年前的連續炸彈事件。忘不了用自己的生命來換取炸彈所在地點的松田刑事。然而，與3年前同壹天的11月7日，又收到炸彈預告的傳真。發信人似乎與3年前連續炸彈事件的犯人是同壹人。佐藤、高木2刑事與少年偵探團開始從傳真的文字內容推理炸彈的地點。
特別篇14-342豪斯登堡的新娘
342《豪斯登堡的新娘》1小時特別篇
簡介：由於受園子的邀請柯南和蘭為了要出席大賀財團繼承人大賀真哉的結婚酒宴乘新幹線去了豪斯登堡。在途中柯南壹行人遇上了做玻璃小酒杯的員工高橋純壹。但是第二天的結婚儀式前發生了新娘的化裝間裏的大賀家家寶紅寶石戒指失蹤事件。還有新娘香取茜草也不知道被誰綁架了…
特別篇15-345直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件
345《與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案》2小時特別篇
簡介：蘭收到暗示有殺人預告的萬聖節晚會邀請函的小五郎和園子兩個人去了晚會會場。另壹方面、新壹同樣收到了壹份壹樣的邀請函。而且新壹和柯南是同壹個人也漸漸暴露了。柯南用麻醉槍讓拼命阻止他的哀睡著了。在幽靈船會場上扮成亡靈船長的舉辦人是某遊戲開始了。但是發生了舉辦者被殺事件。與此同時、朱笛出現在被壹個人留在家裏的哀的面前
特別篇16-356怪盜基德的驚異的空中步行
356《怪盜基德的驚異空中步行》1小時特別篇
簡介：園子的親戚，鈴木財閥的顧問次郎吉在報紙上發出了壹張給基德的挑戰書。讓他來盜取大寶石“大海的奇跡”……基德接受了挑戰，說他前壹天會演壹出好戲。驚慌失措的警察們戒備森嚴，就在這種情況下，基德登場了！！到底女神微笑的是偵探！？還是怪盜！？
特別篇17-383甲子園的奇跡 絕不能輸給看不見的惡魔
383《甲子園的奇跡 絕不能輸給看不見的惡魔》2小時特別篇
柯南壹行人受平次之邀去甲子園觀看夏季高中棒球聯賽。但他們偶然拾得了壹部電話，對方告知在第三回合、第六回合與第九回合比賽結束前，若不找到放在其余地方的手機，他就引爆炸彈自殺。這時壹條短信又顯示出了手機所在地點的暗號。柯南與平次能在坐滿5萬名觀眾的甲子園球場中找到這名放炸彈的男人嗎！？
特別篇18-425Black impact ! 被組織的魔掌觸碰的瞬間
日文名字：ブラックインパクト！組織の手が屆く瞬間
對應漫畫：48F9-49F4
小五郎在與播音員水無憐奈的對話中得知她被惡作劇的門鈴所困擾壹事，便與柯南及蘭壹同前往憐奈的家。
小五郎等人雖然抓到了犯人,但此時，柯南卻從安裝的竊聽器中覺察到憐奈實際是黑色組織同黨壹事。
隨後，黑色組織制定了於下午1點在edayP暗殺壹個代號為DJ的人的計劃。密切關註著憐奈的FBI探員朱蒂決定聯手柯南，為了阻止暗殺計劃，就要知道ADP和DJ的意思是什麽，隨即展開了推理…。
特別篇19-449 本廳刑警的戀愛故事 虛假的婚禮
日文名字：本庁の刑事戀物語 偽りのウエディング
對應漫畫：VOl52F3-F5
小五郎，柯南，蘭在東都迎賓館出席完婚禮後，在走廊碰見新郎打扮的高木刑警和新娘打扮的由美。其實，兩人是被強盜當作目標的新娘和新郎的替身。據說半年前，強盜潛入新娘的娘家，被新郎趕走的強盜在逃跑時留下了絕對不能忘記這份仇恨的恐嚇。
從被留下的菜刀驗出的指紋與連奪6條人命的連續盜竊殺人案罪犯的指紋相吻合，前天，充滿恐嚇意思的威脅信被人放入了新娘家的信箱裏。之後，在堤無津川的倉庫發現了被割喉焚燒的屍體，從燃燒殘留下的指甲上驗出了強盜的指紋…。
特別篇20-452 金比羅劇院的怪人
日文名字：こんぴら座の怪人
小五郎，柯南，蘭，園子為了看伊東玉之助的劇團的戲劇表演，而前往了有名的劇院：金丸座，與玉之助、蓮華，惠美等人再次相見。這次，劇團上演的是以《歌劇院的怪人》為藍本改變的《金比羅劇院的怪人》的時代劇，玉之助飾演怪人，女演員輕部蘆美飾演女主角歌手。
這之後，在彩排中大吊燈突然落下，由於蘆美額頭受了小傷，玉之助不得不在劇院，公開了被實際存在的怪人要求更換女主角的事情。原來團長宛已經收到了"換女主角，換蓮華！"的威脅信…。
特別篇21-479 與服部平次在壹起的3天
日文名字：服部平次との 3日間
對應漫畫：VOl54F6-VOL55F2
柯南，小蘭，服部平次，遠山和葉乘坐小五郎駕駛的租賃車來到觀賞櫻花的著名景點。在這裏，壹位叫傅久的年輕修行僧在發現小五郎後很吃驚。原來傅久希望小五郎可以替他揭開壹個謎團。據傅久講，前幾天，前來拜訪和尚的壹名女性從房間消失了。小五郎等人拜訪寺院，柯南和平次決定弄清真相…。次日清晨，平次向柯南等人說出了自己即將出演，由日賣電視臺企劃的偵探甲子園的事情。據說將聚集全國的高中生偵探，決出日本第壹的企劃，自己將作為西部代表登場。柯南也作為平次的助手參加了在無人島舉行的偵探甲子園…。
特別篇22-487 本廳刑警的戀愛故事8 左手無名指
日文名字：本庁の刑事戀物語8 左手の薬指
對應漫畫：VOl56F1-F3
走在警視廳的佐藤刑警被眾多同事紛紛註視著。此後，高木刑警被白鳥警長質問佐藤刑警所帶戒指的事情。此時，佐藤的手機響起。高木完全沒有搞清楚是怎麽回事，而將視線望向佐藤，第壹次註意到她左手無名指上戴著戒指。高木認為只有訂婚的人，才在左手無名指上佩戴戒指，備受打擊。同事們則誤認為是高木贈送的婚約戒指，而高木堅決否認是自己贈送的。就在此時，佐藤接到了小蘭打來的說有人死亡的電話。佐藤立刻決定和高木趕往現場。但是，高木太在意佐藤的戒指，壹時沒有反應過來…。
特別篇23-488 電視臺的惡魔
日文名字：テレビ局の悪魔
對應漫畫：VOl57F5-F7
柯南、少年偵探團、灰原和阿笠博士去日賣電視臺參觀假面超人的拍攝。然而，由於拍攝的時間延遲了，於是柯南等人只好改為參觀電視臺。在電視臺裏，他們恰巧遇見了“三途之III”的主唱撒旦鬼冢。鬼冢離開後，光彥才想起姐姐拜托自己問鬼冢要簽名的……柯南等人想法設法尋找鬼冢的休息室，終於，光彥順利得到了簽名。此時，AD三島突然面色慘白的跑進休息室、把鬼冢壹行人帶到了會客室。原來，鬼冢所屬的藝人事務所社長---漆原典兒在會客室裏被害了……。
特別篇24-489 法庭的對決Ⅲ 目擊者是檢察官
日文名字：法廷の対決III 目撃者は検察官
東京拘留所的接見室內，妃英理律師與嫌疑人竹內浩明會面。竹內因在酒鋪喝了酒後，用車撞上了受害者，之後逃逸。擔任此案公訴的九條檢察官認為應對竹內處以10日拘留。妃律師問訊了不被釋放的原因，但竹內什麽也沒回答。壹方面，小五郎，柯南，蘭為了協助妃律師，前往警察署對事故車輛進行調查。觀察了車內布局的柯南對駕駛座位狹小的空間存在很大疑問。如果是男性的竹內坐在上面的話，太過於狹小了。據辦事員講，九條檢察官也註意到了座位的狹小問題。此後，小五郎等人從目擊事故的出租汽車司機那裏問清了事故的經過。根據司機回憶，現場查證的時候，九條檢察官認為存在犯人是女性的可能性…。
特別篇25-490 服部平次vs工藤新壹 滑雪場的推理對決
日文名字：服部平次 vs 工藤新壹ゲレンデの推理対決
對應漫畫：VOL50F8-51F1
成為柯南的工藤新壹給在大阪的服部平次打手機聊天，由於柯南這個月解決的案件比平次多壹件而稍微炫耀了下。於是，平次打斷了新壹打算繼續探討案件的念頭，卻回想起3年前滑雪場的事件…。3年前，平次與和葉所在的改方學園初中部來到山形縣的滑雪場。和葉從同學那裏聽到這座山上有雪女的民間傳說。故事裏，雪女對男人提出用銀色衣服和重要的東西進行交換，結果男人的心臟被奪走的銀衣傳說。據說4年前發生了與民間故事很相似的事件。此後，在滑雪場又發生了和民間故事相似的事件，平次與謎樣的初中生偵探的推理交戰開始了…。