清朝的官制，巡撫的級別為從二品，與布政司同屬壹個級別，但山東巡撫壹職卻是正二品，可以與總督平起平坐了，而且這個從明朝起就已經是這樣的了。1368年，明朝設置的山東布政司壹職，另外又加設了山東巡撫壹職，到了1448年，朝廷規定山東巡撫的職務必須由朝廷的高級官員都禦史擔任，這個都禦史的級別就是正二品，但是明朝的這個算是兼任，屬於臨時派遣性質的，都禦史還可以行使自己欽差大臣的職能，權利還是很大的。
清朝時期，山東巡撫任然設置，不過這個時候已經成固定職位了，並且延續明朝的品級，屬正二品，就此，山東巡撫就比其他巡撫官大壹級了。清朝不光山東巡撫有特權，他任命的十八個省的巡撫，列入總督管轄的是十五個，除山東外，還有山西和河南壹並歸為中央直屬，沒有設立總督壹職，意思就是這三個地方的所有事宜是由他們的巡撫直接管的，然後匯報給中央，所以山西，河南的巡撫在當時也同山東巡撫的級別是壹樣的，高於其他地方巡撫。
朝廷為何對山東這麽重視呢？在戰略上，山東處在西南要塞，直接關系著直屬地區的安全，在經濟上，清朝要想把江南等地區的錢財物資運到京城，山東是壹個重要的通道，因此，朝廷把山東設為直隸，直接管轄。
清朝在山東巡撫的任職上，也考慮到其特殊性所以清朝初期，能擔任這壹職務的基本都是滿人，順治到嘉慶的五代皇帝中，山東巡撫先後有七十五人任職，其中滿族貴族任職的人數比例就超過三分之二，這種局面壹直到鹹豐帝年間才逐漸有漢人擔任山東巡撫壹職的，漢人官員的數量稍微上升了壹些。