編寫《發現當代華佗》和《發現黃帝 內經》引發爭議，被指柯雲路為“騙子神醫”當“托”應該反思悔悟。
人物軼事
文學路
他的文學道路從高中開始。那是當時北京最好的壹零壹中，第壹次當堂作文課，語文老師站在柯雲路身後看了半天，課後問他，是不是對文學很感興趣。柯雲路說，有壹點。“文革”伊始，這位吳姓語文老師因當過右派被學生批鬥，受其賞識的柯雲路也被牽連，成為“修正主義黑苗子”。
“那天這個老師在宿舍吊死了，宿舍就在學校裏，她的屍體被擡出去，人們圍觀的壹大堆，我就遠遠地看著。那時候的心情大概跟我以後當作家有點關系。”
1966年底，柯雲路在北大看到壹張大字報，《致林彪同誌的壹封公開信》，信中對林提出反駁。他認為這張大字報說得正確，便找到了寫大字報的兩位農大附中的學生。後來兩人被抓，柯雲路也被抄家。“打倒我的大標語從動物園貼到圓明園。”
1968年，柯雲路到山西絳縣插隊，在農村呆了四年。“掙工分，種地，養豬，磨豆腐，犁地，耙地，揚場，摸爬滾打”，他說他壹直在觀察著這個社會， “那幾年的生活跟我後來的寫作有很大的關系，沒有這個我怎麽能寫《新星》呢，寫縣、鄉的幹部也寫得不像啊。”
1972年，柯雲路到位於榆次的山西錦綸廠當工人。1980年，他的處女作《三千萬》在《人民文學》發表，並獲當年全國優秀短篇小說壹等獎。1983年，柯雲路加入中國作家協會。
1988年之後，隨著“氣功熱”的興起，柯雲路開始轉向東方神秘主義主題，陸續發表多部“研究”氣功與特異功能的著作，包括《人類神秘現象破譯》、《中國氣功大趨勢》、《中國氣功九大技術》、《生命特異現象考察》等，並自稱“特異功能研究者”。後又轉入“生產”醫學著作，著有《新疾病學》、《發現黃帝內經》等，其《發現黃帝內經》壹書竭力鼓吹胡萬林，為其套上“神醫”光環。在胡萬林被立案審查後，柯雲路為給其正名翻案，又出版“研究胡萬林專著”《重組生命世界》。
“從我寫作開始，如果說我有什麽特點呢，我非常地單獨，非常地獨立，單獨，孤獨，獨立，甚至用壹個‘獨’字也可以。”
柯雲路說，他無黨派，而“我加入這些黨派都是有機會的”；他曾經是山西省政協委員，“再往下很可能升到全國政協委員了”，因從不去開會，這壹職務沒有得到保留；他身處作協，從不參加任何作協會議。山西作協曾經為十個有貢獻的作家分房子，別人壹番搶，“出去十分鐘上個廁所回來可能就沒了”，柯雲路不要。他仍然住在榆次壹間破平房裏，沒有衛生間，沒有水龍頭，家裏壹洗衣服他就去提水，騎自行車上街，在城鄉交界處散步，跟農民聊天，圖的是“那地方比較安靜，離太原遠，沒人打攪我”。
“作家裏面有很多群體吧？每個作家都可能有壹群誌同道合人際關系比較接近的朋友，每個作家都可能在苦難的時候呼救，寫出比較好作品的時候會有人給他來捧場。我沒有。我最困難的時候沒有壹個人作為朋友來幫助我，我成功的時候也沒有人來給我喝壹下彩，我完全都是獨立行動。沒有壹個作家能做到像我這樣。”
這個特立獨行的作家自稱“人生最大愛好有三：文學，哲學，科學”。
2014年6月18日洛陽中院消息，洛陽市中級人民法院已立案受理胡萬林等四名被告人涉嫌犯非法行醫罪壹案。胡萬林等四名被告人涉嫌犯非法行醫罪壹案，因案情重大、復雜，新安縣人民法院依法報請移送上級法院審判，經洛陽市中級人民法院決定同意移送後，該案已由洛陽市人民檢察院以非法行醫罪向洛陽市中級人民法院提起公訴，洛陽市中級人民法院已立案受理。
90年代，胡萬林曾經被人稱作“當代華佗”，被作家柯雲路為代表的壹批人追捧。從新疆、陜西到河南，胡萬林多次非法行醫致人死亡。2000年，胡萬林以涉嫌非法行醫罪被逮捕，後被判處有期徒刑15年。
2013年，刑滿出獄的胡萬林再次卷入壹起“非法行醫”命案，22歲的大學生在參加胡萬林活動時裸死在壹家農家賓館中。