中國的審計組織體系主要有以下特點:
1.國家審計實行“統壹領導、分級審計”的管理體制
審計機關領導體制是國家審計制度的重要組成部分，是指審計機關在國家組織結構中的地位，受哪壹級國家機構的領導，以及上下級審計機關的領導關系。審計機關領導體制的建立必須適合我國國情，有利於提高審計機關的獨立性和權威性，充分發揮國家審計在經濟生活中的重要作用。
根據憲法和審計法的規定，我國設立了中央審計機關和地方審計機關。國務院設立中央審計機關，在國務院總理領導下開展審計工作；縣級以上人民政府設立地方審計機關，在本級政府行政首長和上壹級審計機關的領導下，負責本行政區域內的審計工作。由此可見，我國審計機關是政府內部機構之壹，實行“統壹領導、分級審計”的行政體制:壹是審計機關由同級人民政府行政首長直接領導；二是地方審計機關實行雙重領導體制，同樣由本級人民政府行政首長和上壹級審計機關領導；第三，地方審計機關的審計業務由上級審計機關的領導主導。
從世界範圍來看，國家審計機關在整個國家機構中的隸屬關系和地位差異很大。主要有四種領導模式:壹是立法型國家審計機關隸屬於國民大會或議會，依靠國家法律賦予的權力，對各級政府機關的財務收支和其他經濟活動，以及國有審計、事業單位財務收支和相關經濟活動進行審計。這種模式是按照立法、行政和司法三權分立的政治體制建立的，國家審計機構從屬於立法體制的壹個監督機構。立法審計機構地位高，獨立性強，不受行政機關的控制和幹預，有利於對政府行政部門進行有效監督。立法模式在英美等西歐和北美發達國家以及許多發展中國家非常普遍，是目前世界審計制度的主流。第二種是司法型。司法國家審計機關雖然不隸屬於司法部門，但擁有壹定的司法權，這顯示了國家對法治的加強。它是國家審計現代化進程中的第二條道路，作用和影響也很大。西歐和南美壹些國家如法國、意大利、西班牙采用的是司法模式，第三種是行政模式。行政國家審計機關屬於國家行政系列。它是國家行政機構中的壹個職能部門。根據國家賦予的權限，對政府所屬各級、各部門、各單位的財務收支活動進行審計，以保證政府財政政策、法令、計劃和預算的正常執行。行政審計機構獨立地位低，內部審計色彩濃厚，審計監督職能無法充分發揮——這種模式主要以前蘇聯和部分東歐國家為代表。前蘇聯解體和東歐國家政治經濟結構發生重大變化後，這些國家都改變了立法模式。現在，世界上只有瑞典、泰國、沙特阿拉伯等少數幾個國家采用行政模式。第四種是獨立型。獨立的國家審計機構獨立於立法、司法和行政權力，只對法律負責，以德國和日本為典型代表。獨立審計模式在形式上獨立於“三權”，但在三權分立的政治體制下，絕對獨立是不可能的。其實更側重於為立法部門服務。
我國國家審計實行“統壹領導、分級審計”的行政體制，既能保證中央的統壹領導，又能充分發揮地方審計機關的積極性。但與立法體制相比，這種體制獨立性較弱，容易相互幹擾，特別是當中央和地方的利益發生沖突時，地方審計機構會陷入兩難境地，審計的廣度和深度也會受到限制。這是我國審計機關制度的壹個重要缺陷。因此，我國審計機關的領導體制應由行政型向立法型轉變。
2.平行結構的內部審計機構仍占主導地位。
審計署制定並實施的《審計署關於內部審計的規定》明確規定了我國內部審計的機構設置、領導體制、職責權限。在領導體制方面，內部審計機構在本單位主要負責人或權力機構的領導下工作。這壹規定不僅有利於充分發揮內部審計的職能，也體現了與國際接軌的需要——在西方，內部審計領導體制主要由董事會或其審計委員會領導，由審計的行長或總經理領導，由審計總監領導，由董事會下設的審計委員會和總監領導。其中，內部審計機構由董事會或其審計委員會領導，由本次審計的總裁或總經理領導，是西方國家內部審計組織的主要審計形式。
從我國內部審計機構的現狀來看，很多單位仍然習慣於將內部審計機構置於本單位主要負責人的領導之下，與其他職能部門平行設置內部審計機構。在這種模式下，內部審計機構獨立性相對較弱，很難對本單位或同級的管理活動進行監督，而更多的時候是對下屬機構或下壹級管理層進行監督。因此，必須提高內部審計的獨立性，按照《審計署關於內部審計的規定》的要求，設立多種形式的內部審計機構。壹是由單位主要負責人牽頭。這種模式將內部審計置於行長或總經理的領導之下，有利於審計管理機關根據審計結果及時采取切實措施，加強內部控制建設，提高管理水平，提高經濟效益。但這種模式下內部審計的獨立性較弱，內部審計機構在審計中的地位與其他職能部門平行，直接影響了內部審計的權威性。因此，審計的主要負責人必須高度重視和大力支持內部審計工作，確保內部審計具有相當的獨立性和權威性。為此可以設置總審計師，提高內部審計機構的地位。二是受本單位權威領導。這種模式將內部審計置於董事會的領導之下，在壹定程度上保證了內部審計更大的獨立性，有利於內部審計作用的充分發揮。但審計委員會必須註意加強與審計管理層的有效溝通，及時向審計管理層反饋審計信息，以利於其改進。為此，可以設立壹個審計委員會，以改善該單位的權力機構和管理層在內部審計方面的溝通。
3.有限責任制和合夥制的社會審計組織。
目前，我國法律允許註冊會計師設立兩種形式的會計師事務所:有限責任制和合夥制。有限責任社會審計組織是由有限責任的註冊會計師根據《註冊會計師法》的要求投資設立的會計師事務所。合夥社會審計組織是由註冊會計師合夥設立，獨立承擔無限責任的會計師事務所。
縱觀各國註冊會計師行業的發展，除了合夥制和有限責任公司會計師事務所外，還有獨資和有限責任合夥制兩種社會審計組織形式。獨資會計師事務所由具有註冊會計師資格的個人獨立設立，承擔無限責任。它的優點是對從業人員要求不高，設置簡單，實踐靈活。可以很好地滿足中小型審計在記賬、納稅等方面對註冊會計師服務的需求。雖然承擔無限責任，但實際風險相對較低。缺點是無法承接大規模業務，缺乏發展潛力。有限責任合夥企業(LLP)是為適應經濟發展對註冊會計師行業的要求而產生的。其最大的特點是既結合了合夥制和有限責任公司制會計師事務所的優點，又摒棄了它們的缺點。這種形式的會計師事務所與普通合夥的區別在於，無過錯合夥人不對其他合夥人的過失或不當執業行為承擔無限連帶責任；與有限責任公司制度不同的是，會計師事務所的債務由其全部財產承擔，對債務的發生負有直接責任的合夥人以其個人財產承擔責任。20世紀90年代，美國率先實行有限責任合夥制度。美國原“六大”國際會計公司的執業機構已完成向有限責任合夥制的轉型，其他國家和地區的執業機構轉型目前正在進行中。與此同時，在他們的帶領下，許多國家和地區的大中型會計師事務所也開始轉型。近年來，在進入中國的國際會計師事務所的英文名稱中，可以看到“LLP”這個後綴。
我國《註冊會計師法》只允許設立有限責任會計師事務所和合夥會計師事務所，不允許設立個人獨資會計師事務所或有限責任合夥會計師事務所，不利於註冊會計師行業的發展和經濟發展對註冊會計師服務的要求。因此，應借鑒國外經驗，拓寬會計師事務所組織形式，允許註冊會計師設立獨資、普通合夥和有限責任合夥會計師事務所。此外，《註冊會計師法》允許設立有限責任會計師事務所，這壹點壹直為各界所詬病。被認為是我國審計質量差的重要因素，應該明令禁止。