個人獨資企業需要個人所得稅匯算清繳，因為申報是申報單位自己確定的，但稅務部門的確定是最終結論。
個人所得稅適用於個人獨資企業。投資者應在每月或季度結束後7日內預繳，每年結束後30日內，投資者應向主管稅務機關報送個人獨資企業、合夥企業投資者個人所得稅申報表，連同年度會計決算報表和預繳個人所得稅完稅證明。每年年度終了後進行最終結算，多退少補。
什麽情況下需要結賬？
(1)納稅人從兩處或兩處以上取得的綜合所得，扣除轉移扣除後年收入超過6萬元的，需要進行匯算清繳。
(二)納稅人取得稿酬、稿酬、特許權使用費所得中的壹項或者多項所得，年所得減去專項附加扣除後的余額超過6萬元的，需要進行匯算清繳。
(3)納稅人預繳稅額低於納稅年度應納稅額，需要進行匯算清繳。
(4)納稅人在申請退稅時需要繳納稅款。
匯算清繳是指年度終了後，所得稅和其他壹些適用預繳方法的稅種的征收、匯算清繳。根據現行稅法規定，所得稅預繳可以按年、按月或按季度在年終匯算清繳。所得稅納稅人需要根據會計處理與稅收法規不壹致的情況，按照稅收法規的規定進行納稅調整，將其會計所得調整為應納稅所得額，然後按照適用稅率計算年度應納稅額，與以前的月度或季度預繳相同。