第壹，審計主體不同
政府審計是國家審計機構(審計局)；內部審計是企業的審計部門；註冊會計師審計是中介機構(會計師事務所)。
第二，審計對象不同
政府審計的對象是黨政機關和國有企業法人；內部審計的對象是企業或單位的內部部門或領導；註冊會計師審計財務報表是否按照適用的會計準則和相關會計制度編制。
第三，審計重點不同
政府審計的重點是國有資產的保值增值、腐敗和公務履行情況；內部審計的重點是與本單位經營管理有關的事項；註冊會計師就審計過程中需要調整和披露的事項與管理層進行溝通。註冊會計師取證主要依靠被審計單位和相關單位的配合和協助。不存在對被審計單位和相關單位的行政強制。
第四，結果處理不同
政府審計在規定範圍內公開，其他國家機關提出意見；內部審計向企業管理層提交內部審計報告，管理層提出意見；註冊會計師在審計過程中發現需要調整和披露的事項時，與管理層進行溝通。
關系
內部審計和註冊會計師審計都是現代審計體系的組成部分。為了提高審計效率，註冊會計師的審計往往需要內部審計的幫助，內部審計部門往往要求註冊會計師提供管理建議。
擴展數據:
壹，政府審計的主要作用
政府審計是指政府審計機構對會計賬目進行獨立檢查，對財務收支的真實、合法和效益進行監督。其實質是獨立監督受托經濟責任的履行。除了壹般的真實性和合法性審計外，西方的審計內容是側重於發展經濟和效益審計以及項目效果審計，也稱為績效審計(又稱“三E”審計)。“三E”指的是經濟、效率和效果。
(1)政府審計在財政管理中發揮監督作用，促進財政監督的實施。
(2)政府審計的作用是保證財政管理活動符合有關政策和規定。
(3)政府審計在保證財政管理活動的合理性和合法性方面發揮作用。
(4)政府審計有助於提高財政管理效率。
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