學校源於1983創辦的南京財貿學院。1987更名為南京審計大學，由審計署和南京市人民政府聯合辦學。1990 12轉制為審計署直屬高校。
2000年2月，學校管理體制調整為由江蘇省和國家審計署組建，以江蘇省為主管理。同年4月，原南京金融學院合並組建新的南京審計大學。
教員:
截至2019年5月，學校擁有“萬人計劃”2人，“萬人計劃”1人，教育部跨世紀優秀人才1人，中宣部“四群”人才1人，享受政府特殊津貼專家8人，省部級有突出貢獻中青年專家6人，教育部新世紀傑出人才6人
全國審計碩士教學指導委員會委員1人，教育部教學指導委員會委員6人，財政部國家領軍(儲備)人才(學術)3人，司法部“全國優秀教師”1人。
180余人入選江蘇省“333人才工程”(壹級)、江蘇省“雙創計劃”、江蘇省“藍色工程”培養對象，10余人受到審計署先進個人、江蘇省優秀教育工作者表彰。
以上內容參考:百度百科-南京審計大學