學費不同(碩士學位學費高於碩士學位)，學制不同(碩士學位為全日制學習，碩士學位為全日制學習和非全日制工作)，申請要求不同(碩士學位對工商管理等專業有相關工作經驗要求，碩士學位對公共管理碩士等專業有相關工作經驗要求)， 且培養目標不同(碩士以專業實踐為導向，碩士以其學術研究為導向)。
學費不同:碩士壹年學費8000-1萬元。專碩學費較高，8000-15000元不等。但是碩士基本是三年，碩士只有兩年。所以學費總額相差不大。
學制不同:學碩的學制是全日制學習，為3年；碩士學位的學制為全日制學習和非全日制工作，學制為2-3年。
報考要求不同:除工商管理等專業外，大部分畢業生對報考人員沒有工作經驗要求，也就是說應屆和往屆學生都可以報考。
專攻個別專業，如公共管理碩士，要求考生有相關工作經驗。
培養目標不同:專業碩士以專業實踐為導向，重視實踐和應用，培養在專業和專業技術方面接受過正規和高水平培訓的高級人才。
碩士學位按學科設置，以其學術研究為導向，強調理論和研究，培養大學教師和科研機構研究人員。